Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003021`

染色体: Chr08 坐标: 30346953-30350599 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003021`
名称	SmilChr08G003021
描述	uncharacterized SmilChr08G003021
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	30346953 - 30350599 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997620`
GeneID	`130997620`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997620`
原始查询	`SmilChr08G003021`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	afadin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824522]; symbol=TRM19; hit=AT3G53540; species=arabidopsis; confidence=low
产物	afadin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824522]; symbol=TRM19; hit=AT3G53540; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G53540` (TRM19) afadin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824522] identity=30.6; qcov=0.93; evalue=1.19e-49; confidence=low
Rice	`Os03g0280700` - identity=26.1; qcov=1.11; evalue=9.14e-31; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14309 (DUF4378)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997620

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057778987.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057778987.1`
3	Nucleus membrane	核膜	0.20000	`XP_057778987.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057778987.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057778987.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:30347299`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,B123
`Chr8:30347464`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr8:30347978`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B133
`Chr8:30348144`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr8:30348173`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C15
`Chr8:30350065`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B126
`Chr8:30350123`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C87
`Chr8:30350361`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,A25,B123,B37
`Chr8:30350430`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A15
`Chr8:30350430`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778987.1

597 aa

298

597

DUF4378

PF14309 DUF4378 452-593 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778987.1`	Pfam	`PF14309`	DUF4378	Domain	452	593	1.2e-23	85.0	LONGIFOLIA 1/2-like C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923004.1
GATGTTGAACCACACAGTCGCCACAGAGTTCGCAATTCATCAAGGATTCAAGTGGAAGAGAGGAAAGACGAACATATTATTCCTACTAGGATTGTTGTTTTGAAGCCAAACCTTGGGAAAATTCAGAATGCTGGCACATCTTTATCATCACCAGATCTTTCACACAATTATCAACCTGGCTTCAAGAAAATCAAGGAATATACAAATGTTGGTAGTGCTGCAACAGTGTTACGAAGAAGGAAAGACTCATCTCATAATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997620
ATGTCAAAAGAAGCTAGAGAAATAGCCAGGGAAATTACGATGAGAATGAGAGATGGCTGTGATGAGACCACAGATGCAAAATCTACTGCATACAGAGGATATGTGGGAGATGAGAGCTCATACGATGCTAATGAAAGTGATTCTGATAGTGAGTCTGAGGTGTTCAGATTATCTGCTAGAAGGTCCTTCGACGATAGTAGCATGTGCAGATATCCATCTTCTCATTTAGGCGAATCGCCTGTAAATACGGAAGCAAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057778987.1
MSKEAREIAREITMRMRDGCDETTDAKSTAYRGYVGDESSYDANESDSDSESEVFRLSARRSFDDSSMCRYPSSHLGESPVNTEAKKRLSERWKMTHKYQDLEMINRGSTLGEMLALPNKETRPCQSNVKMSPGRPSKELGSNGTAILDVPLGISSRDGWKDEIRRNSSRSRSLPPPTGGRGRSHRRNPNNNKLAEDKSMMRSDSVHRCRSKVVKGNLSHRENYLAKDSKSRSKTSHPCQHIFANEIDSSSGANFEIQME...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器