Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003051`

染色体: Chr08 坐标: 30677997-30683186 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003051`
名称	SmilChr08G003051
描述	thylakoid membrane protein TERC, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	30677997 - 30683186 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997647`
GeneID	`130997647`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997647`
原始查询	`SmilChr08G003051`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	thylakoid membrane protein TERC, chloroplastic
产物	thylakoid membrane protein TERC%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT5G12130` (PDE149) integral membrane TerC family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831086] identity=66.1; qcov=0.822; evalue=1.39e-147; confidence=high
Rice	`Os05g0121200` - identity=70.5; qcov=0.702; evalue=2.26e-138; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane)
KEGG	-
Pfam	PF03741 (TerC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997647

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057779023.1`
2	Chloroplast membrane	叶绿体膜	1.00000	`XP_057779023.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779023.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779023.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779023.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:30678275`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B18,B94,C25,C37
`Chr8:30678285`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,C57,C8,D7
`Chr8:30678448`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:30678477`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,B9,C17
`Chr8:30678481`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	65	A16,A18,A19,A2,A4,A6,B1,B11,B111,B112,B114,B117,B12,B125,B130,B137,B15,B18,B2,B22,B29,B40,B42,B43,B46,B5,B52,B57,B68,B73,B80,B82,B84,B86,B88,B90,B92,B94,B95,C1,C16,C21,C23,C25,C26,C29,C3,C34,C36,C37,C39,C48,C5,C52,C54,C56,C58,C60,C61,C63,C67,C75,C9,D10,D11
`Chr8:30678541`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B107
`Chr8:30679194`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B27
`Chr8:30679194`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B27
`Chr8:30679249`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B100,B107,B17,B84,C13
`Chr8:30679417`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B13,C57,C8,D7
`Chr8:30680044`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B90,B92,C17,C73
`Chr8:30680100`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B4,B44,C86,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779023.1

416 aa

208

416

TerC

PF03741 TerC 171-411 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779023.1`	Pfam	`PF03741`	TerC	Domain	171	411	4.7e-59	200.1	Integral membrane protein TerC family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923040.1
ACTGTGGTGGATAATGAACTAGCTGTCTAGCTCATTGGCGGCGGCCGTGTGATTCGCCCCACTCCACTCCATCACACCTCCACAAAACAACTGTTCTCTTCTTCCACTTAAACTAGAGAAAATAAAAAGGGTAAACAAAAACAAATTTCTGAAGCCATGAAATTGGCTTCCACAATGCACACCAATTCAATCCAAGTCCATTTCAATTTCGATTTCAATCTGCTTAAATCTTCCTCAGCCAATTGCCCTAAGAACGTCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997647
ATGAAATTGGCTTCCACAATGCACACCAATTCAATCCAAGTCCATTTCAATTTCGATTTCAATCTGCTTAAATCTTCCTCAGCCAATTGCCCTAAGAACGTCGCCAGTAGATTTATTCTTCGCCGCTCTCGCCCCCTTTTCTCAGCTGGATGTGGTTGTGGTAGAAAGTACTACCATTCAACACCAGCGATCTCACAAGGTCTACTGAGCAGCAGGGCCCCAAGAAGAACACTTGGTGCGAATAAATATTCGACAGTTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779023.1
MKLASTMHTNSIQVHFNFDFNLLKSSSANCPKNVASRFILRRSRPLFSAGCGCGRKYYHSTPAISQGLLSSRAPRRTLGANKYSTVTCARKTEHEEQASTSRNDIAHEVSRYQSSNGVGDHVDSCDDVSHTDAEETTSRTDYASSLRTVGLCVFSAVVFGVGVGFKDGVGKASEFFAGYLLEQSLSVDNLFVFVLIFKYFRVPINYQNRVLSYGIAGAVIFRLSLILLGTATLQRFEAVNLFLAAILLYSSFKLFGEDAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器