Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003053`

染色体: Chr08 坐标: 30697809-30699968 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003053`
名称	SmilChr08G003053
描述	protein IN2-1 homolog B-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	30697809 - 30699968 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997664`
GeneID	`130997664`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997664`
原始查询	`SmilChr08G003053`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein IN2-1 homolog B-like
产物	protein IN2-1 homolog B-like
Arabidopsis	`AT5G02790` (GSTL3) Glutathione S-transferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831798] identity=59.1; qcov=0.988; evalue=5.16e-99; confidence=high
Rice	`Os03g0283100` (OsGSTL2) - identity=61.8; qcov=0.971; evalue=1.25e-102; confidence=high
GO	GO:0004364 (glutathione transferase activity)
KEGG	smil00480 (Glutathione metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02798 (GST_N); PF13409 (GST_N_2); PF13410 (GST_C_2); PF13417 (GST_N_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997664

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057779053.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057779053.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779053.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779053.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779053.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:30698442`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C47
`Chr8:30699038`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B122,B56,B96,C39,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779053.1

250 aa

125

250

GST_N

GST_N_3

GST_N_2

GST_C_2

PF02798 GST_N 32-103 aa PF13417 GST_N_3 33-110 aa PF13409 GST_N_2 39-104 aa PF13410 GST_C_2 152-210 aa

XP_057779054.1

240 aa

120

240

GST_N

GST_N_3

GST_N_2

GST_C_2

PF02798 GST_N 32-103 aa PF13417 GST_N_3 33-110 aa PF13409 GST_N_2 39-104 aa PF13410 GST_C_2 152-210 aa

XP_057779055.1

240 aa

120

240

GST_N

GST_N_3

GST_N_2

GST_C_2

PF02798 GST_N 32-103 aa PF13417 GST_N_3 33-110 aa PF13409 GST_N_2 39-104 aa PF13410 GST_C_2 152-210 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779053.1`	Pfam	`PF02798`	GST_N	Domain	32	103	1.7e-06	28.9	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057779053.1`	Pfam	`PF13417`	GST_N_3	Domain	33	110	4.9e-22	78.8	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057779053.1`	Pfam	`PF13409`	GST_N_2	Domain	39	104	2.2e-17	64.1	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057779053.1`	Pfam	`PF13410`	GST_C_2	Domain	152	210	2.9e-09	37.6	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
`XP_057779054.1`	Pfam	`PF02798`	GST_N	Domain	32	103	1.5e-06	29.1	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057779054.1`	Pfam	`PF13417`	GST_N_3	Domain	33	110	4.6e-22	78.8	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057779054.1`	Pfam	`PF13409`	GST_N_2	Domain	39	104	2.1e-17	64.2	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057779054.1`	Pfam	`PF13410`	GST_C_2	Domain	152	210	2.7e-09	37.7	Glutathione S-transferase, C-terminal domain
`XP_057779055.1`	Pfam	`PF02798`	GST_N	Domain	32	103	1.5e-06	29.1	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057779055.1`	Pfam	`PF13417`	GST_N_3	Domain	33	110	4.6e-22	78.8	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057779055.1`	Pfam	`PF13409`	GST_N_2	Domain	39	104	2.1e-17	64.2	Glutathione S-transferase, N-terminal domain
`XP_057779055.1`	Pfam	`PF13410`	GST_C_2	Domain	152	210	2.7e-09	37.7	Glutathione S-transferase, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093143.1
TAGAGTTGAAATTTTAATCTTACATAACTCGCAGTCACAGTTCGTTGCCTATATTAGTACTTATAAAAATTTATAATTATAATTGTTGGTGAATTATCAGCACTCACTCCACTGACAACTATGGCCGCCGCAGCAGCTAGCGTGCAAGAAGTTCTTCCGCCCCTCTTCAATTCAACTTCTCTTCATCCACCACCACTCTTCGATGGAACCACTAGGTTATACGTGTTTTACGAGTGCCCCTTTTGCCAGCGTGTGTTGAT...

XM_057923071.1
AATCTCTATTCTTTTTTGCGGGTGGAAGAAGGCATGACGCATTAAACACGTGATTACAGTTGAATTTTTGTTTTTTGTTTTTTTAGTTGGGGACATTAGAGTTGAAATTTTAATCTTACATAACTCGCAGTCACAGTTCGTTGCCTATATTAGTACTTATAAAAATTTATAATTATAATTGTTGGTGAATTATCAGCACTCACTCCACTGACAACTATGGCCGCCGCAGCAGCTAGCGTGCAAGAAGTTCTTCCGCCCCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130997664
ATGGCCGCCGCAGCAGCTAGCGTGCAAGAAGTTCTTCCGCCCCTCTTCAATTCAACTTCTCTTCATCCACCACCACTCTTCGATGGAACCACTAGGTTATACGTGTTTTACGAGTGCCCCTTTTGCCAGCGTGTGTTGATTGTGAGGAACTACAAGGGTTTGCAAGATCAGATCAAGCTTGTTGGTATCGATCTTGCAGATAAACCTGCTTGGTATAAGGAAAAAGTATATCCAGAAAACAAGTTGCCATCATTGGAGCA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057779053.1
MAAAAASVQEVLPPLFNSTSLHPPPLFDGTTRLYVFYECPFCQRVLIVRNYKGLQDQIKLVGIDLADKPAWYKEKVYPENKLPSLEHDGKIIGESMDLIRYLDTNFDGPPLLPDDHEKLKFADEMIAYLDTFLKNVFTSFKQDPVKEAGAEFDYLEASLAKFEDGPFFLSQFSQVDAAYVPFIERFQIYLKEVFKYDITPGRPRVAAYIEELNKIDAYKPTKCDPNWLIQFYNKRFMVLSLSKQDLQPSH

XP_057779054.1
MAAAAASVQEVLPPLFNSTSLHPPPLFDGTTRLYVFYECPFCQRVLIVRNYKGLQDQIKLVGIDLADKPAWYKEKVYPENKLPSLEHDGKIIGESMDLIRYLDTNFDGPPLLPDDHEKLKFADEMIAYLDTFLKNVFTSFKQDPVKEAGAEFDYLEASLAKFEDGPFFLSQFSQVDAAYVPFIERFQIYLKEVFKYDITPGRPRVAAYIEELNKIDAYKPTKCDPNWLIQFYNKRFMKSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器