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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003055

染色体: Chr08 坐标: 30703923-30707283 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003055
名称SmilChr08G003055
描述WRKY transcription factor 44-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向30703923 - 30707283 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997683
GeneID130997683
locus_tag-
NCBI NameLOC130997683
原始查询SmilChr08G003055

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WRKY transcription factor 44-like
产物WRKY transcription factor 44-like
ArabidopsisAT2G37260 (TTG2)
WRKY family transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818303]
identity=39.5; qcov=0.874; evalue=4.2e-85; confidence=medium
RiceOs07g0583700 (OsWRKY87)
-
identity=41.3; qcov=0.578; evalue=5.88e-64; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
PfamPF03106 (WRKY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997683

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779078.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779078.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779078.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779078.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779078.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:30704165 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 169 A1,A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B104,B108,B11,B110,B111,B113,B115,B117,B119,B12,B120,B123,B126,B127,B128,B130,B131,B132,B134,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B2,B20,B21,B22,B23,B25,B26,B3,B30,B31,B32,B35,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B46,B47,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B57,B58,B59,B60,B61,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B73,B74,B76,B79,B8,B81,B82,B83,B85,B88,B93,B94,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C4,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C51,C53,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C73,C75,C77,C80,C82,C83,C85,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr8:30704199 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 169 A1,A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B104,B108,B11,B110,B111,B113,B115,B117,B119,B12,B120,B123,B126,B127,B128,B130,B131,B132,B134,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B2,B20,B21,B22,B23,B25,B26,B3,B30,B31,B32,B35,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B46,B47,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B57,B58,B59,B60,B61,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B73,B74,B76,B79,B8,B81,B82,B83,B85,B88,B93,B94,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C4,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C51,C53,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C73,C75,C77,C80,C82,C83,C85,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr8:30704325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B33,B49,C32,C68
Chr8:30704332 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr8:30704767 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 168 A1,A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B104,B108,B11,B110,B111,B113,B115,B117,B119,B12,B120,B123,B126,B127,B128,B130,B131,B132,B134,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B2,B20,B21,B22,B23,B25,B26,B3,B30,B31,B32,B35,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B46,B47,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B57,B58,B59,B60,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B73,B74,B76,B79,B8,B81,B82,B83,B85,B88,B93,B94,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C4,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C51,C53,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C73,C75,C77,C80,C82,C83,C85,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr8:30705000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr8:30705050 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B74,C2,D11
Chr8:30705329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr8:30705465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr8:30705481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,B25
Chr8:30705647 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 167 A1,A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B104,B108,B11,B110,B111,B113,B115,B117,B119,B12,B120,B123,B126,B127,B128,B130,B131,B132,B134,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B2,B20,B21,B22,B23,B25,B26,B3,B30,B31,B32,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B47,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B57,B58,B59,B60,B61,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B73,B74,B76,B79,B8,B81,B82,B83,B85,B88,B93,B94,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C4,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C51,C53,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C73,C75,C77,C80,C82,C83,C85,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr8:30705649 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 167 A1,A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B104,B108,B11,B110,B111,B113,B115,B117,B119,B12,B120,B123,B126,B127,B128,B130,B131,B132,B134,B135,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B2,B20,B21,B22,B23,B25,B26,B3,B30,B31,B32,B37,B4,B40,B41,B42,B43,B47,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B57,B58,B59,B60,B61,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B73,B74,B76,B79,B8,B81,B82,B83,B85,B88,B93,B94,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C38,C4,C40,C41,C42,C43,C45,C46,C47,C48,C51,C53,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C73,C75,C77,C80,C82,C83,C85,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779078.1
516 aa
N
1
258
516
WRKY
WRKY
C
PF03106 WRKY 229-283 aa PF03106 WRKY 425-480 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779078.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 229 283 6.9e-51 171.0 WRKY DNA -binding domain
XP_057779078.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 425 480 6.9e-51 171.0 WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923095.1
AAGGAGTCATGTATCTGCTCTTGACGATGATTCTTAGGGCTGTTAATTTGTTAGATCCTTAGAGATCCGAAAGGCCAATGACACCTTTTTCTTCATTTGAATGGGCAGTGAAAATAGTACATTTACTAAAGGTTGTCGTTTGTGTGTTTCTATTATTGTTCATTAATGTGAAAATGGCTTGAAATGATGGGCTCAGGAAGCTGATAATGGTAAAATATATTATCCAAATTGGTCTAACTAGTTTATTGTTGTAGCATCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997683
ATGCATGATGATTCTCGTTTTAATCTTATCTCAAAACTGATGAAAATGGAGCTCCATAATCTGCTTCTCATAAGTTCAGATGAGGATATTATACTTGCAATCCCACTTATGACATTATTTTTTCAGGAGACTATAGCAGTTGCTACTGTCATGATGGAAATCAAGGAGAAAGAGAAAATTGTAATAGCCAAGCCAGTTGCATGTAGACCTCATTTCTCAAATCTGAAATCCTTATCAGACCTTCTCTCTGCTGCAACTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779078.1
MHDDSRFNLISKLMKMELHNLLLISSDEDIILAIPLMTLFFQETIAVATVMMEIKEKEKIVIAKPVACRPHFSNLKSLSDLLSAATDASPPAAFTETAGAVIRPTTVRFKPDSAIDLVGAEAAASHPTKRALESNVACNVVYKPIAKLVSRTTVSQLSNLVSTGISPTQEVADRIQSSNQVTQQSGATLEVHPDFPTQSEQRATTPVENHADETKSSIPANIRDRPSYDGHNWRKYGQKQVKGSEYPRSYYKCTYPNCPV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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