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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003057

染色体: Chr08 坐标: 30715755-30721657 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003057
名称SmilChr08G003057
描述two-component response regulator-like APRR7
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向30715755 - 30721657 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997634
GeneID130997634
locus_tag-
NCBI NameLOC130997634
原始查询SmilChr08G003057

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述two-component response regulator-like APRR7
产物two-component response regulator-like APRR7
ArabidopsisAT5G02810 (PRR7)
pseudo-response regulator 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831793]
identity=62; qcov=0.372; evalue=1.36e-56; confidence=low
RiceOs07g0695100 (Hd2)
-
identity=45; qcov=1.09; evalue=6.33e-109; confidence=high
GOGO:0000160 (phosphorelay signal transduction system); GO:0005515 (protein binding); GO:0009736 (cytokinin-activated signaling pathway)
KEGGsmil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00072 (Response_reg); PF06203 (CCT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997634

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779004.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779004.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779004.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779004.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779004.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:30715907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B123,B37
Chr8:30715979 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B114,B46,C15
Chr8:30716690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,C64,C66
Chr8:30716784 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr8:30717013 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B74,C2
Chr8:30717262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr8:30717785 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B74,B9,C2,D11
Chr8:30717790 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr8:30717801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B74,C2,D11
Chr8:30717825 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C8,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779004.1
709 aa
N
1
354
709
Response_reg
CCT
C
PF00072 Response_reg 85-196 aa PF06203 CCT 655-697 aa
XP_057779005.1
709 aa
N
1
354
709
Response_reg
CCT
C
PF00072 Response_reg 85-196 aa PF06203 CCT 655-697 aa
XP_057779006.1
572 aa
N
1
286
572
Response_reg
CCT
C
PF00072 Response_reg 1-59 aa PF06203 CCT 518-560 aa
XP_057779008.1
572 aa
N
1
286
572
Response_reg
CCT
C
PF00072 Response_reg 1-59 aa PF06203 CCT 518-560 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779004.1 Pfam PF00072 Response_reg Domain 85 196 7.6e-22 78.3 Response regulator receiver domain
XP_057779004.1 Pfam PF06203 CCT Motif 655 697 2.2e-16 60.3 CCT motif
XP_057779005.1 Pfam PF00072 Response_reg Domain 85 196 7.6e-22 78.3 Response regulator receiver domain
XP_057779005.1 Pfam PF06203 CCT Motif 655 697 2.2e-16 60.3 CCT motif
XP_057779006.1 Pfam PF00072 Response_reg Domain 1 59 5.4e-10 40.2 Response regulator receiver domain
XP_057779006.1 Pfam PF06203 CCT Motif 518 560 1.6e-16 60.8 CCT motif
XP_057779008.1 Pfam PF00072 Response_reg Domain 1 59 5.4e-10 40.2 Response regulator receiver domain
XP_057779008.1 Pfam PF06203 CCT Motif 518 560 1.6e-16 60.8 CCT motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923022.1
GTTTTGAGGCTCCGAATCTGTATTGATTTGGCCCAAAGCCCCAAAGCTCTCGCCTTTAGATTTTGTCATAGTAATCACCACACGTAGCCCGGATCTATCCTACGTGGCGTATACCAATCCTACGTGTCACACGCTGAGCCCGCAAAAACAGCCATGTCATCGTCCCCCGAAGCAGTTTTTGGAAAAAAACAATCCTAAAATAGCGTTAAATTCCGGAAAGCTGAAAAGAAAAAGACCCTCTACGAAAACACAGGGTGTGG...
XM_057923025.1
GTGGCGTATACCAATCCTACGTGTCACACGCTGAGCCCGCAAAAACAGCCATGTCATCGTCCCCCGAAGCAGTTTTTGGAAAAAAACAATCCTAAAATAGCGTTAAATTCCGGAAAGCTGAAAAGAAAAAGACCCTCTACGAAAACACAGGGTGTGGTATCAGCACTGACAAGGATTTTTGGAGTCGTTACTGAACAGGGACTCAATGTTGTGATTCAGTTTGGGGGCGAAAGTGAAGAGTTGTTTATCCAATTTTACAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130997634
ATGAATATTGATGCTAACGAAGAAAAAGAGACACAAGGTGAGGACAAGAGCGGTGAAGATGGAATTTTGGTTCAGAGACGTGGTTCGGTTCAAGTCAGTGACCTGAATGTTGATGCAGCCGAGCAAGTTGAAACTAGTGGTGCAACTAGTGGGTTGCAAGGTTCAGGTAATTTGCAAGTGCAACAGCAGCAGCAGCAGTCTCAGGGGACAGGGGTTTGCTGGGAGAGGTTTCTTCATGTGAGAACTATCCGGGTCCTGCT...
LOC130997634
ATGAATATTGATGCTAACGAAGAAAAAGAGACACAAGGTGAGGACAAGAGCGGTGAAGATGGAATTTTGGTTCAGAGACGTGGTTCGGTTCAAGTCAGTGACCTGAATGTTGATGCAGCCGAGCAAGTTGAAACTAGTGGTGCAACTAGTGGGTTGCAAGGTTCAGGTAATTTGCAAGTGCAACAGCAGCAGCAGCAGTCTCAGGGGACAGGGGTTTGCTGGGAGAGGTTTCTTCATGTGAGAACTATCCGGGTCCTGCT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057779004.1
MNIDANEEKETQGEDKSGEDGILVQRRGSVQVSDLNVDAAEQVETSGATSGLQGSGNLQVQQQQQQSQGTGVCWERFLHVRTIRVLLVENDDSTRHVVTALLKNCNYEVLEAANGLQACKILEDVTNHVDIVLTEVVMPCISGIGLLGKIMNHKTRKNVPVIMMSSHDSMGLVFKCLSKGAVDFLVKPIRKNELKNLWQHVWRRCHSSSGSGSESATQTQKSVKLKGSEKSGNSASGDGENNASNGLNIGDGSDDGSGAQ...
XP_057779005.1
MNIDANEEKETQGEDKSGEDGILVQRRGSVQVSDLNVDAAEQVETSGATSGLQGSGNLQVQQQQQQSQGTGVCWERFLHVRTIRVLLVENDDSTRHVVTALLKNCNYEVLEAANGLQACKILEDVTNHVDIVLTEVVMPCISGIGLLGKIMNHKTRKNVPVIMMSSHDSMGLVFKCLSKGAVDFLVKPIRKNELKNLWQHVWRRCHSSSGSGSESATQTQKSVKLKGSEKSGNSASGDGENNASNGLNIGDGSDDGSGAQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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