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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003058

染色体: Chr08 坐标: 30728459-30734547 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003058
名称SmilChr08G003058
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02830, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向30728459 - 30734547 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997628
GeneID130997628
locus_tag-
NCBI NameLOC130997628
原始查询SmilChr08G003058

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02830, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g02830%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G02830 (AT5G02830)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831772]
identity=49.5; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0284900
-
identity=44; qcov=0.976; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997628

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057778998.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.80000 XP_057778998.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057778998.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057778998.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057778998.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:30728800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,C8,D11
Chr8:30730046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D2
Chr8:30730218 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A6,B5,C5,C56
Chr8:30731559 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr8:30731963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B15,C15
Chr8:30733775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr8:30733793 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr8:30733798 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,C8,D11
Chr8:30733809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:30733819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62
Chr8:30733837 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr8:30733839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778998.1
843 aa
N
1
422
843
PPR_3
PPR_long
TPR_24
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_long
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
C
PF13812 PPR_3 282-333 aa PF17177 PPR_long 301-455 aa PF23276 TPR_24 337-456 aa PF13812 PPR_3 350-409 aa PF13041 PPR_2 361-409 aa PF01535 PPR 363-393 aa PF12854 PPR_1 392-423 aa PF13041 PPR_2 395-443 aa PF01535 PPR 398-427 aa PF13812 PPR_3 419-462 aa PF01535 PPR 434-462 aa PF17177 PPR_long 508-654 aa PF13041 PPR_2 537-582 aa PF01535 PPR 540-570 aa PF13812 PPR_3 561-618 aa PF13041 PPR_2 572-618 aa PF01535 PPR 576-603 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057778998.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 282 333 6.7e-46 154.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778998.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 301 455 5e-28 98.7 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057778998.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 337 456 3.5e-18 66.5 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057778998.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 350 409 6.7e-46 154.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778998.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 361 409 5.6e-56 187.2 PPR repeat family
XP_057778998.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 363 393 2.3e-35 119.1 PPR repeat
XP_057778998.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 392 423 3.4e-31 107.4 PPR repeat
XP_057778998.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 395 443 5.6e-56 187.2 PPR repeat family
XP_057778998.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 398 427 2.3e-35 119.1 PPR repeat
XP_057778998.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 419 462 6.7e-46 154.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778998.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 434 462 2.3e-35 119.1 PPR repeat
XP_057778998.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 508 654 5e-28 98.7 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057778998.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 537 582 5.6e-56 187.2 PPR repeat family
XP_057778998.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 540 570 2.3e-35 119.1 PPR repeat
XP_057778998.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 561 618 6.7e-46 154.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057778998.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 572 618 5.6e-56 187.2 PPR repeat family
XP_057778998.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 576 603 2.3e-35 119.1 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923015.1
ATAAAGAATAAGTAAGGATCAATTGAAAAATGAGGAAAAAAAAAACATAAATTTAAAGGATGAAATCTTGGTTATCCCGCATTTTTCAATGATAATTTATTAATTTTACAACCAGACTAAAATTAAATTGATGAGTCCGAGTTGAAATGAAGCGCCCGCCTTTCGAATTCAATCCTAAAAAACGACAGCCAAAAATAAACCATCACTTAATATTTCTCCAATTTTACTTTACTGGCAACTGAAAAAAGAAAAAAACGGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997628
ATGAGGGACGCACTATCGATCCTCGCCTCCGCCACCCTCCTCCCTCCCTCAGCTACCCCTTCCGGTAACTACCACCGCCGTCACCACCACTCCACTACCTCTACCCCTACCAAACCCAGACCAAATCATAACCCCAAGCAAAAGCCCCAAATTCCCGCTTCTTCTCCCCTTCTCTCCTCTTCCCGCTGGACTAATCGCCAAAGCCTGGCCTACTACAGCAAGCTAGCCTCGAAGCTCGCTGAGGACGGGAAGTTCGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057778998.1
MRDALSILASATLLPPSATPSGNYHRRHHHSTTSTPTKPRPNHNPKQKPQIPASSPLLSSSRWTNRQSLAYYSKLASKLAEDGKFEDFLMIAESVVSSGVKMSEFLALLTSEHLVSGIVRVLRDGNLDSVVGTLFNGIQKLGVEPVGLFDAVAIESLKAECRRLLKGGEVERLVSLMEMFAGFQFIIKGLVEPSEFIKLCITKRDPTAAISYAQNFPHAEVLFCSIILEFGKKRDLISALKAFEASKQNLSSPNMHAYRT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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