Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003065`

染色体: Chr08 坐标: 30834457-30836005 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003065`
名称	SmilChr08G003065
描述	uncharacterized SmilChr08G003065
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	30834457 - 30836005 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998313`
GeneID	`130998313`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998313`
原始查询	`SmilChr08G003065`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0658400; species=rice; confidence=high
产物	hit=Os06g0658400; species=rice; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G22220` (AT3G22220) hAT transposon superfamily [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821786] identity=24.4; qcov=0.944; evalue=1.01e-26; confidence=weak
Rice	`Os06g0658400` - identity=52.4; qcov=1.02; evalue=4.64e-137; confidence=high
GO	GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF05699 (Dimer_Tnp_hAT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998313

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779725.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779725.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779725.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779725.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779725.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:30834622`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B121,B51,B80,C15
`Chr8:30834653`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B54,B76
`Chr8:30834668`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A24,B50
`Chr8:30834719`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54
`Chr8:30834728`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	A1,A20,A3,B100,B104,B110,B57,B72,B73,C41,C44,C60,C61,C87,D5
`Chr8:30834736`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,B136,B55,B94
`Chr8:30834750`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A24,B50,C39
`Chr8:30834761`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A3,B90,B92
`Chr8:30834763`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B54,B83,B93,C15
`Chr8:30834769`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C26,D5
`Chr8:30834779`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,D4
`Chr8:30834781`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	B10,B122,B14,B23,B34,B58,B69,B73,B93,B99,C16,C23,C38,C46,C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779725.1

412 aa

206

412

Dimer_Tnp_hAT

PF05699 Dimer_Tnp_hAT 265-339 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779725.1`	Pfam	`PF05699`	Dimer_Tnp_hAT	Domain	265	339	5.8e-12	45.9	hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923742.1
ATGGATAATGCGAGGAATTGTGCTGCTGCTGGAGCCCTAGTGGAGGGATTGTACCCTACCATTGTTTGGACGTCGTGTGTTGTTCACACACTCAACTTAGCGTTGCAAAATATATGTGCTGCGAAGAACATAGAGAACAATCAAGAAACTTATGCATTATGTTCTTGGATCACCGATGTTGCAGCAGATGCTAGTATGATCAAGATTTTCATCATGAATCATAGGATGAGGTTAGCAATCTTTAATCAATTTTTCTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998313
ATGGATAATGCGAGGAATTGTGCTGCTGCTGGAGCCCTAGTGGAGGGATTGTACCCTACCATTGTTTGGACGTCGTGTGTTGTTCACACACTCAACTTAGCGTTGCAAAATATATGTGCTGCGAAGAACATAGAGAACAATCAAGAAACTTATGCATTATGTTCTTGGATCACCGATGTTGCAGCAGATGCTAGTATGATCAAGATTTTCATCATGAATCATAGGATGAGGTTAGCAATCTTTAATCAATTTTTCTCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779725.1
MDNARNCAAAGALVEGLYPTIVWTSCVVHTLNLALQNICAAKNIENNQETYALCSWITDVAADASMIKIFIMNHRMRLAIFNQFFSLKLLSIAATRFASIIVMLKRLKLLKRSLSTMVISEQWDSYREDDVEKASLVKMKVLDDLWWDKKNTMIEKVKAAIYKHERIQAQDSSPFYEVVHTILVSRWNKNNTYLHCLAHSLNPRYYSDQWLSEDTSRVPPHRDNEVAKERMKCLKKYFPDIAQRRIVIREFANFASMAGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器