Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003071`

染色体: Chr08 坐标: 30893227-30895539 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003071`
名称	SmilChr08G003071
描述	uncharacterized SmilChr08G003071
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	30893227 - 30895539 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997678`
GeneID	`130997678`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997678`
原始查询	`SmilChr08G003071`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997678

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057779074.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057779074.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779074.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779074.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779074.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:30894660`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B133,C40
`Chr8:30894697`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:30894704`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr8:30894717`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	31	A13,A9,B113,B117,B123,B128,B129,B133,B41,B54,B6,B74,B85,B87,B88,C1,C2,C25,C4,C50,C58,C61,C64,C66,C67,C7,C70,C83,C9,D11,D2
`Chr8:30894723`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr8:30894743`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr8:30894752`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr8:30894755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr8:30894774`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	204	A10,A11,A14,A15,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A5,A6,A7,A9,B1,B10,B100,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B118,B119,B12,B120,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B18,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B30,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B56,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B68,B69,B7,B74,B75,B76,B78,B79,B8,B80,B82,B84,B85,B86,B87,B89,B9,B91,B92,B93,B95,B96,B98,B99,C10,C11,C12,C13,C17,C19,C2,C20,C21,C22,C24,C25,C26,C27,C28,C30,C31,C33,C34,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C62,C63,C64,C66,C67,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C76,C77,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8
`Chr8:30894782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr8:30894784`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B15,C15
`Chr8:30894815`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009093144.1
AATCTCATTTTCTCATCAAACATGTTCACACTCCATCTCTATATCAAAACACGCTACACAGAAAACTCACACACATGGCTCATCTCTCTCGCCCCACCTCTGGCCGACGTCGGCTGCCGCCGCGCCTAATCCGGCGAGGCCGCCTGAGTCCCTCTCATCTTCTCTTATTCTACTCCCTTACCAATTTCTGTATTCGTGAATCACCAAGCCGAGCTTTAGTTTTTCCCCTAAAATTTAAATTACGGCCAGTTCCAGCCCTC...

XM_057923091.1
ATCTCATTTTCTCATCAAACATGTTCACACTCCATCTCTATATCAAAACACGCTACACAGAAAACTCACACACATGGCTCATCTCTCTCGCCCCACCTCTGGCCGACGTCGGCTGCCGCCGCGCCTAATCCGGCGAGGCCGCCTGAGTCCCTCTCATCTTCTCTTATTCTACTCCCTTACCAATTTCTGTATTCGTGAATCACCAAGCCGAGCTTTAGTTTTTCCCCTAAAATTTAAATTACGGCCAGTTCCAGCCCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997678
ATGTTGGACCGCTTTGGCTCTGGAGAACGGGCGTTGGCTGCTCTGGAGTTTCCTGCTCTGACGTTGCCTGCTCTGTCACTTTTGTGCTCTGGCTCGGCTGCTCTGCCCTGCTGCACAGCTATGCCGGCTCTGGCTCTGGTCTGCCTGCTCTGCTCTGGAGCTTGCTCTTCTGTTTATTTCTCTGGCTCCGCTGCTCTGCTCTGGAGCTCCCTAGTTTTGGCGGTGTCTGCTTTGGAGTCGACTGCTCTGGCGTTGTCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779074.1
MLDRFGSGERALAALEFPALTLPALSLLCSGSAALPCCTAMPALALVCLLCSGACSSVYFSGSAALLWSSLVLAVSALESTALALSARVRFCSDSASLVLAALGLLYAGLAALLCSAAPLGAAFPQELP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器