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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003072

染色体: Chr08 坐标: 30906929-30910289 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003072
名称SmilChr08G003072
描述uncharacterized SmilChr08G003072
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向30906929 - 30910289 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997656
GeneID130997656
locus_tag-
NCBI NameLOC130997656
原始查询SmilChr08G003072

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997656

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779037.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057779037.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057779037.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779037.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779037.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:30909403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:30909405 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C8,D7
Chr8:30909406 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B75,B98,C13,C50,C7
Chr8:30909440 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 88 A13,A15,A19,A25,A6,A7,A9,B1,B106,B109,B112,B113,B115,B118,B120,B122,B125,B129,B134,B135,B137,B139,B14,B140,B17,B19,B22,B26,B30,B36,B41,B47,B5,B52,B58,B6,B60,B61,B64,B65,B66,B75,B76,B78,B8,B86,B9,B90,B92,B93,B97,B98,B99,C12,C13,C17,C21,C25,C26,C27,C28,C30,C34,C36,C37,C38,C44,C46,C5,C50,C51,C56,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C7,C71,C72,C75,C79,C80,C87,C9,D1,D6
Chr8:30909488 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B56,B96,C39,D4
Chr8:30909494 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 D10,D2,D6
Chr8:30909532 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B3,C11,C12,C69
Chr8:30909535 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B35
Chr8:30909535 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B35
Chr8:30909541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B56,B96,C39,D4
Chr8:30909545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B4,C36,C46,D7
Chr8:30909550 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B37,B81,B91,C27,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923055.1
CACATCTATAATTTGCAAACACAAACTTGTCCAGCAAGGACTCAAGTTCGTTCCTTCCACCGTAGAGGTGCGGCGCGACTAGCACATGAATTTTCATTGAATTGTTCAAGTCAGTTATCAAGTTCAAACTTAAGTTAAAGTTTCAGTTATATCGCTAGGGGCCCGCTCAATGGGTCCAGGACTTCACCGTCCTTGGTATGCCACAATGCGATTTCATGTTACAGTTAAGGTTGCAACCTATTCGCCAGGGGCCCGCTCAA...
XM_057923054.1
GATTTATTGCAGTACATGCTGTGGTTAATTGTTGTTCATTTTAATATTATGTGTTTGTCATATGTGTTGTAAATTCAGTTATATCGCTAGGGGCCCGCTCAATGGGTCCAGGACTTCACCGTCCTTGGTATGCCACAATGCGATTTCATGTTACAGTTAAGGTTGCAACCTATTCGCCAGGGGCCCGCTCAATGGGTCCAGGACATTAAAGTCCTTGTTTCAGGTAATTGACGTTGGAGACGCGTGGAGGGTCGAATGGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130997656
ATGATCCCTACTCAGACCATTGTGCCGATATTGCAAAAGAACTTCAATGATCTTCACAGGCACGTGTTGGATGATGAAGTCCAATCTAAACAACAGATTCTGGACACTCAACATCGCCTTGATAGTCTCCGCATCAAATTTCTCAAGGAATTCATGACTACCACTGATGCTAAACTTCTTGTTGCCGAAGAGCTCCGTCCTCTCACTATCAAAATTGCTCAACTGGAAGGCGAGATCAACAATGTTCATAATTCATCCGA...
LOC130997656
ATGATCCCTACTCAGACCATTGTGCCGATATTGCAAAAGAACTTCAATGATCTTCACAGGCACGTGTTGGATGATGAAGTCCAATCTAAACAACAGATTCTGGACACTCAACATCGCCTTGATAGTCTCCGCATCAAATTTCTCAAGGAATTCATGACTACCACTGATGCTAAACTTCTTGTTGCCGAAGAGCTCCGTCCTCTCACTATCAAAATTGCTCAACTGGAAGGCGAGATCAACAATGTTCATAATTCATCCGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057779037.1
MIPTQTIVPILQKNFNDLHRHVLDDEVQSKQQILDTQHRLDSLRIKFLKEFMTTTDAKLLVAEELRPLTIKIAQLEGEINNVHNSSDSALIQMMLTDIQELQRKVSSIPGDDAKKGEEYLDDRASTDLPAELAQAFAKSKSLVLHTAHAPSVSGEYSRKMPREESSSRVPEPKAKKALNLGDNAPHPPPTLSLQEEQRMRHYVQEGLLVSYLDRFEGKDLWVPADLNDWWEKLKECYTKWIVFANLNRSPDVQREAWRYF...
XP_057779038.1
MIPTQTIVPILQKNFNDLHRHVLDDEVQSKQQILDTQHRLDSLRIKFLKEFMTTTDAKLLVAEELRPLTIKIAQLEGEINNVHNSSDSALIQMMLTDIQELQRKVSSIPGDDAKKGEEYLDDRASTDLPAELAQAFAKSKSLVLHTAHAPSVSGEYSRKMPREESSSRVPEPKAKKALNLGDNAPHPPPTLSLQEEQRMRHYVQEGLLVSYLDRFEGKDLWVPADLNDWWEKLKECYTKWIVFANLNRSPDVQREAWRYF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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