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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003077`

染色体: Chr08 坐标: 30975282-30980304 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003077`
名称	SmilChr08G003077
描述	uncharacterized SmilChr08G003077
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	30975282 - 30980304 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998316`
GeneID	`130998316`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998316`
原始查询	`SmilChr08G003077`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=23; qcov=0.113; evalue=2.54e-06; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=30.9; qcov=0.281; evalue=9.15e-56; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998316

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057779727.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057779727.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779727.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779727.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779727.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:30975316`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B4,C46,D7
`Chr8:30975422`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,B4,C36,C46,D7
`Chr8:30975428`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B15,C15
`Chr8:30975447`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B35,B71,C78,C80
`Chr8:30975462`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59
`Chr8:30975479`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B102,B107,C87,D10,D2,D6
`Chr8:30975502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B101,B105,B106,B124,B132,B136,B23,C39
`Chr8:30975506`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B4,C46,D7
`Chr8:30975512`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A16,B4,C46,D7
`Chr8:30976399`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B126,C17,C50
`Chr8:30976413`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A13,B33,B6,B9,C35,C40,C58,C63,C68,D9
`Chr8:30976415`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B100,B15,C15

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779727.1

1351 aa

676

1351

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RVT_3

Integrase_H2C2

rve

DUF8803

PF00078 RVT_1 369-528 aa PF17919 RT_RNaseH_2 592-689 aa PF17917 RT_RNaseH 619-718 aa PF13456 RVT_3 754-872 aa PF17921 Integrase_H2C2 910-959 aa PF00665 rve 977-1074 aa PF31073 DUF8803 1198-1258 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779727.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	369	528	2.5e-32	113.1	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057779727.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	592	689	1.4e-17	64.3	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057779727.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	619	718	3.1e-14	53.7	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057779727.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	754	872	3.8e-14	53.4	Reverse transcriptase-like
`XP_057779727.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	910	959	3.6e-12	47.0	Integrase zinc binding domain
`XP_057779727.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	977	1074	1.3e-17	64.7	Integrase core domain
`XP_057779727.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	1198	1258	6.3e-24	84.3	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923744.1
ATGATATGCGGGGAAAATGGGATACCCACATCCAACAGAGCCAAGAAACAAGTTGTACGTGCAGTGAAATCCGGGTATTATCCCAAGCAAGTGATGGAGATTACGAGCGCGGCAGAAGAGCCGGTCATCAGCTTCGGGGCAGAGGACCTGCGGACGCTTATGTATCCACATGACGATGCGTTGGTGATCATGGCAGACATAGCCGGTTGCATTGTTCATTGTGTCTTCGTAGACTCGGGCAGTGCAGTAAATATCTTGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998316
ATGATATGCGGGGAAAATGGGATACCCACATCCAACAGAGCCAAGAAACAAGTTGTACGTGCAGTGAAATCCGGGTATTATCCCAAGCAAGTGATGGAGATTACGAGCGCGGCAGAAGAGCCGGTCATCAGCTTCGGGGCAGAGGACCTGCGGACGCTTATGTATCCACATGACGATGCGTTGGTGATCATGGCAGACATAGCCGGTTGCATTGTTCATTGTGTCTTCGTAGACTCGGGCAGTGCAGTAAATATCTTGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779727.1
MICGENGIPTSNRAKKQVVRAVKSGYYPKQVMEITSAAEEPVISFGAEDLRTLMYPHDDALVIMADIAGCIVHCVFVDSGSAVNILYLECLQNMGVEAHIEPTNAHLFGFGGEMVMPISFVELSLSLGNAAASKTRVIRFLVVDMSKPSYNVILSRPALTAFRAIISMFYLKMKFPIGGGRVGEVWGDQKTSKACHVQMLTHSSGQKRERITEGSDTQKRGKVGEVNAPAEERQELAGLLKDRDSAEKTALVSTSDVCNM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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