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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003079`

染色体: Chr08 坐标: 30991338-30999256 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003079`
名称	SmilChr08G003079
描述	E3 ubiquitin-protein ligase UPL4
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	30991338 - 30999256 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997623`
GeneID	`130997623`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997623`
原始查询	`SmilChr08G003079`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	E3 ubiquitin-protein ligase UPL4
产物	E3 ubiquitin-protein ligase UPL4
Arabidopsis	`AT5G02880` (UPL4) ubiquitin-protein ligase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831758] identity=51; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0463900` - identity=55.8; qcov=0.352; evalue=0; confidence=low
GO	GO:0000209 (protein polyubiquitination); GO:0043161 (proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG	smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00632 (HECT); PF25579 (TPR_TRIP12_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997623

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057778989.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057778989.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057778989.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057778989.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057778989.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:30992914`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B56,B96,C39,D4
`Chr8:30994590`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,A25,B37
`Chr8:30994943`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B67,B7,C33
`Chr8:30994949`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr8:30995385`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr8:30995393`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr8:30995426`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B101
`Chr8:30995456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr8:30995469`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr8:30995570`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B4,C36,C46,D7
`Chr8:30995834`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,B4,C36,C46,D7
`Chr8:30996338`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057778989.1

1536 aa

768

1536

TPR_TRIP12_N

HECT

PF25579 TPR_TRIP12_N 4-220 aa PF00632 HECT 1187-1536 aa

XP_057778991.1

1536 aa

768

1536

TPR_TRIP12_N

HECT

PF25579 TPR_TRIP12_N 4-220 aa PF00632 HECT 1187-1536 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057778989.1`	Pfam	`PF25579`	TPR_TRIP12_N	Repeat	4	220	9.7e-112	373.1	E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12-like, TPR repeats
`XP_057778989.1`	Pfam	`PF00632`	HECT	Domain	1187	1536	7.4e-78	263.0	HECT-domain (ubiquitin-transferase)
`XP_057778991.1`	Pfam	`PF25579`	TPR_TRIP12_N	Repeat	4	220	9.7e-112	373.1	E3 ubiquitin-protein ligase TRIP12-like, TPR repeats
`XP_057778991.1`	Pfam	`PF00632`	HECT	Domain	1187	1536	7.4e-78	263.0	HECT-domain (ubiquitin-transferase)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923008.1
GTTTACTCACTTAATACAATATTTTATTGACGGAATTAATTAAGTTTCTATTTTTTAAATTATATATAAAAAAAAAGACTCGTTTCCATCATCATCATCATCTCTCTCTATAATCTCTTTCCGTATCTACATATACTTCTTCACCTGTATATATAAATGTACATAACAACATTCACTCCTTTTTCCACGATATAAAATACCAACTGGGGGTGGAATTTGGTTATAGAACCCTAGGATTTGATTAACGCTCTCACGATCAA...

XM_057923006.1
TTTCCATCATCATCATCATCTCTCTCTATAATCTCTTTCCGTATCTACATATACTTCTTCACCTGTATATATAAATGTACATAACAACATTCACTCCTTTTTCCACGATATAAAATACCAACTGGGGGTGGAATTTGGTTATAGAACCCTAGGATTTGATTAACGCTCTCACGATCAATCGTTCTGTAAGACCTCTAGGTACAGAAAAAGAGATGGACTGAACACCGCTTTGATCAGGTAGCTGTTGTTAATGGCTAGTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130997623
ATGGCTAGTCGAGGTCAAAAAAGAAATGAAGAAGTGGATGAATTGCCAGCAGATAAGCGTGCGTGCAATTCATTGGAGTTCCGGCCAAGTTCTTCCAATTCATCAGCTCAAACACTGACGAGTACTGCTCATGAAGCCCAGGATGCTGACATGGATACGTCGTCTTCAACTTCTGGATCAACTAGATCAGAGGGTGATGGCGAGAAGGAATCTGCTTATGGCTCTTGTGATTCTGATAATAGTATCCATGACTACTATAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057778989.1
MASRGQKRNEEVDELPADKRACNSLEFRPSSSNSSAQTLTSTAHEAQDADMDTSSSTSGSTRSEGDGEKESAYGSCDSDNSIHDYYRNRSLSDQSKFKRVLSGLSEEVEESGQLAQLTELCELLSFCSDSSLSSPMVDSFSPVLVSLARHESNPNIMLLAIRAITYLCDVNPRSSVFIVRHDAIPVLCQRLMAIEYLDVAEQCLQALEKISREQPVACLQSGAIMAVLGYIDFFSTSVQRVALSTVVNICKKLSSESPSL...

XP_057778991.1
MASRGQKRNEEVDELPADKRACNSLEFRPSSSNSSAQTLTSTAHEAQDADMDTSSSTSGSTRSEGDGEKESAYGSCDSDNSIHDYYRNRSLSDQSKFKRVLSGLSEEVEESGQLAQLTELCELLSFCSDSSLSSPMVDSFSPVLVSLARHESNPNIMLLAIRAITYLCDVNPRSSVFIVRHDAIPVLCQRLMAIEYLDVAEQCLQALEKISREQPVACLQSGAIMAVLGYIDFFSTSVQRVALSTVVNICKKLSSESPSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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