Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003087`

染色体: Chr08 坐标: 31097406-31103055 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003087`
名称	SmilChr08G003087
描述	ribonuclease MRP protein subunit POP4
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	31097406 - 31103055 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997658`
GeneID	`130997658`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997658`
原始查询	`SmilChr08G003087`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ribonuclease MRP protein subunit POP4
产物	ribonuclease MRP protein subunit POP4
Arabidopsis	`AT2G43190` (POP4) ribonuclease P family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818920] identity=46.1; qcov=1.03; evalue=6.03e-74; confidence=high
Rice	`Os05g0472300` - identity=41; qcov=1.06; evalue=2.5e-72; confidence=medium
GO	GO:0000172 (ribonuclease MRP complex); GO:0001682 (tRNA 5'-leader removal); GO:0006364 (rRNA processing); GO:0030677 (ribonuclease P complex); GO:0033204 (ribonuclease P RNA binding)
KEGG	smil03008 (Ribosome biogenesis in eukaryotes - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01868 (RNase_P-MRP_p29)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997658

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779039.1`
2	Nucleolus	核仁	0.80000	`XP_057779041.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779039.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779039.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779039.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:31099882`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19
`Chr8:31100329`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779039.1

299 aa

150

299

RNase_P-MRP_p29

PF01868 RNase_P-MRP_p29 223-295 aa

XP_057779040.1

299 aa

150

299

RNase_P-MRP_p29

PF01868 RNase_P-MRP_p29 223-295 aa

XP_057779041.1

289 aa

144

289

RNase_P-MRP_p29

PF01868 RNase_P-MRP_p29 233-285 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779039.1`	Pfam	`PF01868`	RNase_P-MRP_p29	Domain	223	295	9.3e-21	74.3	Ribonuclease P/MRP, subunit p29
`XP_057779040.1`	Pfam	`PF01868`	RNase_P-MRP_p29	Domain	223	295	9.3e-21	74.3	Ribonuclease P/MRP, subunit p29
`XP_057779041.1`	Pfam	`PF01868`	RNase_P-MRP_p29	Domain	233	285	3.3e-13	50.1	Ribonuclease P/MRP, subunit p29

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923058.1
GACCCTCAACTAAAATCCTACTTTTCCCTCCCAACTCTAAGTTCCAAGTCCAAGAGTGAAGACGCCCCCTCCCCTCCCAACCCTGCCCTGCCGCCGCGACTCGCCCCTCCCCCGCCCCACTCTCTTTGCGGCGCCGCCGCAGCAGGTGGCTCTCTCCTCTCGCACGCAGCGCCCCCGCGGCAGCAGCTCGCAGTCGCGCCTCGCTCGCTCCGCCTCCGGCGATCTCTTCTCGCCTTCCCGGCGCCGCCTCCGGCCCTCCG...

XM_057923056.1
GACCCTCAACTAAAATCCTACTTTTCCCTCCCAACTCTAAGTTCCAAGTCCAAGAGTGAAGACGCCCCCTCCCCTCCCAACCCTGCCCTGCCGCCGCGACTCGCCCCTCCCCCGCCCCACTCTCTTTGCGGCGCCGCCGCAGCAGGTGGCTCTCTCCTCTCGCACGCAGCGCCCCCGCGGCAGCAGCTCGCAGTCGCGCCTCGCTCGCTCCGCCTCCGGCGATCTCTTCTCGCCTTCCCGGCGCCGCCTCCGGCCCTCCG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130997658
ATGGAAGACCAAAGGAGACGTACCCTGGAAGCTCTAGAGCGACGATTTGCTCAAGCAAAGTCAGAGGTTCAGTCACAGAAACAGAATAGCAAGAAAAGACCAGCTGAAGATAAGAAAACAGTTGCTTTACATGTTGAATCCTTGTCTGCAGATTCACCAATCAATAAGCCACTCTCCAAATCTTCATCTAAAAGAGGAAAATTTTCTTTTACGGATCATACTTCTAAAGAAGATACAGGATTAAATGAGCCTGCATACTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057779039.1
MEDQRRRTLEALERRFAQAKSEVQSQKQNSKKRPAEDKKTVALHVESLSADSPINKPLSKSSSKRGKFSFTDHTSKEDTGLNEPAYLKLSHSVHENLLPNGAQVSDGRITVNGVLHELFQHGDSAKKYMQGSKSIKIENTILLDNYVHKHGSSSSGHIQALQHGSKRSKKHMSLKQHKSIGSFDLPKEFHNFNIFKPMHEKWKSYVHQLLRIVGKGQLAQCFLNADLHGAIILVVQCKTVAYVGLHGIMVRETKETFGIV...

XP_057779040.1
MEDQRRRTLEALERRFAQAKSEVQSQKQNSKKRPAEDKKTVALHVESLSADSPINKPLSKSSSKRGKFSFTDHTSKEDTGLNEPAYLKLSHSVHENLLPNGAQVSDGRITVNGVLHELFQHGDSAKKYMQGSKSIKIENTILLDNYVHKHGSSSSGHIQALQHGSKRSKKHMSLKQHKSIGSFDLPKEFHNFNIFKPMHEKWKSYVHQLLRIVGKGQLAQCFLNADLHGAIILVVQCKTVAYVGLHGIMVRETKETFGIV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器