Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003117`

染色体: Chr08 坐标: 31425976-31429123 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003117`
名称	SmilChr08G003117
描述	laccase-7-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	31425976 - 31429123 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997708`
GeneID	`130997708`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997708`
原始查询	`SmilChr08G003117`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	laccase-7-like
产物	laccase-7-like
Arabidopsis	`AT3G09220` (LAC7) laccase 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820078] identity=56; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0257600` (OsLAC28) - identity=53.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005507 (copper ion binding); GO:0046274 (lignin catabolic process); GO:0048046 (apoplast); GO:0052716 (hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00394 (Cu-oxidase); PF07731 (Cu-oxidase_2); PF07732 (Cu-oxidase_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997708

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057779090.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779090.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779090.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779090.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779090.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:31427892`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,A5,B84
`Chr8:31428015`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:31428021`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	B118,B134,B22,B45,B47,B64,B94,C26,C44,C52,C74,C87,D11
`Chr8:31428062`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B134,B22,B47,B94
`Chr8:31428184`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B133
`Chr8:31428239`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr8:31428261`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B16,C24,C59,D4
`Chr8:31428290`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B26,B41,C77
`Chr8:31428558`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr8:31428566`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr8:31428567`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr8:31428689`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779090.1

570 aa

285

570

Cu-oxidase_3

Cu-oxidase

Cu-oxidase_2

PF07732 Cu-oxidase_3 33-146 aa PF00394 Cu-oxidase 159-309 aa PF07731 Cu-oxidase_2 416-552 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779090.1`	Pfam	`PF07732`	Cu-oxidase_3	Domain	33	146	8.5e-39	133.0	Multicopper oxidase
`XP_057779090.1`	Pfam	`PF00394`	Cu-oxidase	Domain	159	309	1.1e-37	130.3	Multicopper oxidase
`XP_057779090.1`	Pfam	`PF07731`	Cu-oxidase_2	Domain	416	552	6.1e-45	153.1	Multicopper oxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923107.1
ACATTCTTCACAAATTCATCTATCTCAACTCATTGTCTCCCTAGCTAGCTCCCTATTAATTTCGAGAATTTTATTACTTTCATTAATTCCTTCATATCTTAATTGCTACGCAGCAATGCGTCGTTCCTTGGTATTTCTAGCATGGGCCTTGGCTCTTTTAGCTTGCTCTTCGTCATTTGCCTCAGCTCGGATCGTGCGACATACGTTTAATGTGGGAAATCTGACTGTGAATCGGTTATGTCGTGATCAAGTAATCACTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997708
ATGCGTCGTTCCTTGGTATTTCTAGCATGGGCCTTGGCTCTTTTAGCTTGCTCTTCGTCATTTGCCTCAGCTCGGATCGTGCGACATACGTTTAATGTGGGAAATCTGACTGTGAATCGGTTATGTCGTGATCAAGTAATCACTGCGGTGAATGGCGGTCTTCCCGGACCAGCCATTGTAGCTCGAGATGGTGATACGCTTGTTGTTCGTGTTAACAACATATCACCATATAATGTGACTATTCATTGGCATGGGGTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779090.1
MRRSLVFLAWALALLACSSSFASARIVRHTFNVGNLTVNRLCRDQVITAVNGGLPGPAIVARDGDTLVVRVNNISPYNVTIHWHGVFQLMSAWADGPEYITQCPIRPGQSYTYRFNVSRQEGTLLWHAHFKALRATIHGALIIRPARGRTYPFPAPFREIPIVLGEWWNADIMDIEEEAVSLGRPPNVSNAFTINGQPGDLFPCSSNNTVRFTLVQGRTYLLRIINAALNTPLFFKIANHKFTVVAIDASYTDPYDSDVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器