Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003132`

染色体: Chr08 坐标: 31671449-31673185 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003132`
名称	SmilChr08G003132
描述	putative serine/threonine-protein kinase
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	31671449 - 31673185 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997722`
GeneID	`130997722`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997722`
原始查询	`SmilChr08G003132`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative serine/threonine-protein kinase
产物	putative serine/threonine-protein kinase
Arabidopsis	`AT1G16670` (AT1G16670) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838236] identity=51.3; qcov=0.899; evalue=2.91e-120; confidence=high
Rice	`Os02g0165100` (OsRLCK63) - identity=53.9; qcov=0.841; evalue=2.96e-121; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997722

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057779116.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057779116.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779116.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779116.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779116.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:31671664`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,A11,A13,A3,C65
`Chr8:31671669`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C53
`Chr8:31671669`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C53
`Chr8:31671684`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr8:31671738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,A11,A13,A3
`Chr8:31671839`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B88
`Chr8:31672116`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr8:31672668`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B127
`Chr8:31672668`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B127
`Chr8:31672672`	`GT`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A25
`Chr8:31672782`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B16,C8,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779116.1

377 aa

188

377

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 57-265 aa PF00069 Pkinase 58-316 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779116.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	57	265	1.2e-42	146.8	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057779116.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	58	316	8.3e-46	157.2	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923133.1
AAAATATTACTAGTATTAAGCATTTTCCTTTTCACATGGACTAGCTAGGGGTTGGGAAGGTCAACATAAAAAAGATTTCAACGGGCGCTGCATATAAAATACATATCCTTTTACGGCGATGACATTTTATGAGTGATTTCCTCCCTCGGAACTTGCTCCAACTACTTTCCATCCAGCTACCAAAACGTTAACCCAGACATGAAATTTACAGCTTCCTTTTTGGGATGTTTCAATCCCTCCACGGCTAAGATTGACGAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997722
ATGAAATTTACAGCTTCCTTTTTGGGATGTTTCAATCCCTCCACGGCTAAGATTGACGAAGCAACTGATCAAGAAGAAGAAGTAGTAGTAGCAGATTGTGTGGCGAACGTTCCAAACCCGAATTTTCGTGTTTTCTCCTACGATGAACTCAGAGTCGCCACTCAAGGCTTCAAGAACAAGATTGGAGAGGGAGGATTTGGTTCAGTTTACAAGGGGCGGCTGATTGGCGACAGATTTATAGCTGTGAAAGTTTTATCTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779116.1
MKFTASFLGCFNPSTAKIDEATDQEEEVVVADCVANVPNPNFRVFSYDELRVATQGFKNKIGEGGFGSVYKGRLIGDRFIAVKVLSVEVESMRGEREFISEIAALSDIKHDNLVTLKGCCVDGAQRLLVYDYMENNSLAHTFLGTEQKRASFSWALRKGTALGVARGLCYLHEQVNPHIIHRDIKAANILVDANFTPKLADFGLAKLLTDNVSNISTRVAGTLGYLSPEYAYSGHLSRKSDVYSFGVLLLEIVSGRPVVE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器