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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003141

染色体: Chr08 坐标: 31808412-31816865 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003141
名称SmilChr08G003141
描述origin of replication complex subunit 3
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向31808412 - 31816865 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997730
GeneID130997730
locus_tag-
NCBI NameLOC130997730
原始查询SmilChr08G003141

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述origin of replication complex subunit 3
产物origin of replication complex subunit 3
ArabidopsisAT5G16690 (ORC3)
origin recognition complex subunit 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831530]
identity=42; qcov=1.04; evalue=0; confidence=medium
RiceOs10g0402200 (ORC3)
-
identity=40; qcov=1.03; evalue=9.36e-179; confidence=medium
GOGO:0003688 (DNA replication origin binding); GO:0005656 (nuclear pre-replicative complex); GO:0005664 (nuclear origin of replication recognition complex); GO:0006260 (DNA replication); GO:0006270 (DNA replication initiation); GO:0031261 (DNA replication preinitiation complex)
KEGG-
PfamPF07034 (ORC3_N); PF18137 (WHD_ORC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997730

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779121.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057779122.1
3 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057779121.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779122.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779122.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:31809795 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B3,C11,C12,C69
Chr8:31809795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B3,C11,C12,C69
Chr8:31810061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B96,D4
Chr8:31813283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C34
Chr8:31814849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr8:31815703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:31816037 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B13,C8,D7
Chr8:31816256 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:31816449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B26,C77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779121.1
746 aa
N
1
373
746
ORC3_N
WHD_ORC
C
PF07034 ORC3_N 23-342 aa PF18137 WHD_ORC 589-679 aa
XP_057779122.1
718 aa
N
1
359
718
ORC3_N
WHD_ORC
C
PF07034 ORC3_N 23-342 aa PF18137 WHD_ORC 589-716 aa
XP_057779123.1
718 aa
N
1
359
718
ORC3_N
WHD_ORC
C
PF07034 ORC3_N 23-342 aa PF18137 WHD_ORC 589-716 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779121.1 Pfam PF07034 ORC3_N Domain 23 342 1.1e-59 203.2 Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus
XP_057779121.1 Pfam PF18137 WHD_ORC Domain 589 679 1.5e-14 55.0 Origin recognition complex winged helix C-terminal
XP_057779122.1 Pfam PF07034 ORC3_N Domain 23 342 1.1e-59 203.2 Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus
XP_057779122.1 Pfam PF18137 WHD_ORC Domain 589 716 4.5e-26 92.3 Origin recognition complex winged helix C-terminal
XP_057779123.1 Pfam PF07034 ORC3_N Domain 23 342 1.1e-59 203.2 Origin recognition complex (ORC) subunit 3 N-terminus
XP_057779123.1 Pfam PF18137 WHD_ORC Domain 589 716 4.5e-26 92.3 Origin recognition complex winged helix C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923138.1
GTGGTCTCAACCCGGCACTAACCCTTACCATTTCCCGCCAAAGAAAGGCGGTTTCCTAAACTGCATTACCTAAAAGCCGTCAACGAGTAGAGACACAAAGAAAGAAAAATCAGAATGGCGCCGGCAGCCGATCCAGCGACGTCGCCGTCGATTTCCACCGCAAATAGTGATCTCCAGCCTTTCTTCGTTCTCCACAAAGCCGCTACGCGGAAACCCGCCTCTAAAACCAGACGGAGAATCGATCTCTCCCCCAAAGTTTC...
XM_057923139.1
GTGGTCTCAACCCGGCACTAACCCTTACCATTTCCCGCCAAAGAAAGGCGGTTTCCTAAACTGCATTACCTAAAAGCCGTCAACGAGTAGAGACACAAAGAAAGAAAAATCAGAATGGCGCCGGCAGCCGATCCAGCGACGTCGCCGTCGATTTCCACCGCAAATAGTGATCTCCAGCCTTTCTTCGTTCTCCACAAAGCCGCTACGCGGAAACCCGCCTCTAAAACCAGACGGAGAATCGATCTCTCCCCCAAAGTTTC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130997730
ATGGCGCCGGCAGCCGATCCAGCGACGTCGCCGTCGATTTCCACCGCAAATAGTGATCTCCAGCCTTTCTTCGTTCTCCACAAAGCCGCTACGCGGAAACCCGCCTCTAAAACCAGACGGAGAATCGATCTCTCCCCCAAAGTTTCCGATGGTTCTGCTGAAGAATACAATGACAACTCGCGATTTGAAACCTTCAAACTCCTGTGGTCCAACACTGAATCCATTATTAAGGATGTCTTGAAAAACCTTAACACTAGCGT...
LOC130997730
ATGGCGCCGGCAGCCGATCCAGCGACGTCGCCGTCGATTTCCACCGCAAATAGTGATCTCCAGCCTTTCTTCGTTCTCCACAAAGCCGCTACGCGGAAACCCGCCTCTAAAACCAGACGGAGAATCGATCTCTCCCCCAAAGTTTCCGATGGTTCTGCTGAAGAATACAATGACAACTCGCGATTTGAAACCTTCAAACTCCTGTGGTCCAACACTGAATCCATTATTAAGGATGTCTTGAAAAACCTTAACACTAGCGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057779121.1
MAPAADPATSPSISTANSDLQPFFVLHKAATRKPASKTRRRIDLSPKVSDGSAEEYNDNSRFETFKLLWSNTESIIKDVLKNLNTSVFDEINKWVHASFDSICACRTREFSRATSMYPIPNNVPIGAQIFTALLFTKNVEFVDDISTFADLGAHLRSNGCLVANLTSIDFCAKNGVGGCLKTLLRQFLLVGIDAPEMSILASWYTEQENHDKPLIVIIDDVERCSSSVLNDFIVMLREWVVKVPIILVLGVATSVDALRN...
XP_057779122.1
MAPAADPATSPSISTANSDLQPFFVLHKAATRKPASKTRRRIDLSPKVSDGSAEEYNDNSRFETFKLLWSNTESIIKDVLKNLNTSVFDEINKWVHASFDSICACRTREFSRATSMYPIPNNVPIGAQIFTALLFTKNVEFVDDISTFADLGAHLRSNGCLVANLTSIDFCAKNGVGGCLKTLLRQFLLVGIDAPEMSILASWYTEQENHDKPLIVIIDDVERCSSSVLNDFIVMLREWVVKVPIILVLGVATSVDALRN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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