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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003157

染色体: Chr08 坐标: 32126347-32129025 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003157
名称SmilChr08G003157
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g37230
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向32126347 - 32129025 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997742
GeneID130997742
locus_tag-
NCBI NameLOC130997742
原始查询SmilChr08G003157

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g37230
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g37230
ArabidopsisAT2G37230 (AT2G37230)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818300]
identity=66.2; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0110400
-
identity=47; qcov=0.912; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997742

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057779135.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779135.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779135.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779135.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779135.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:32126695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,A8,B122,B34,C53
Chr8:32127058 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:32127415 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:32127715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,C26,C36,C59
Chr8:32127895 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B31,B45,C10
Chr8:32127926 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 28 A10,A4,B1,B107,B127,B130,B140,B3,B35,B69,B8,B80,B82,B95,C17,C2,C24,C32,C34,C38,C41,C44,C48,C63,C68,C71,D3,D9
Chr8:32127982 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B122,B127,C32,C71
Chr8:32128054 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B109
Chr8:32128054 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B109
Chr8:32128096 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 29 A4,B118,B127,B13,B140,B3,B35,B69,B75,B8,B82,B87,B95,B98,C18,C24,C29,C32,C38,C41,C44,C48,C63,C68,C71,C86,C9,D3,D4
Chr8:32128156 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr8:32128305 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 18 B12,B135,B139,B27,B39,B51,B55,B73,C21,C22,C23,C26,C31,C36,C39,C56,C73,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779135.1
751 aa
N
1
376
751
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_long
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
TPR_24
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 179-207 aa PF13812 PPR_3 197-253 aa PF13041 PPR_2 211-256 aa PF01535 PPR 213-242 aa PF12854 PPR_1 241-273 aa PF01535 PPR 248-275 aa PF13041 PPR_2 248-291 aa PF17177 PPR_long 264-389 aa PF13812 PPR_3 268-327 aa PF12854 PPR_1 276-308 aa PF13041 PPR_2 279-326 aa PF01535 PPR 282-312 aa PF13812 PPR_3 306-358 aa PF12854 PPR_1 310-343 aa PF13041 PPR_2 314-363 aa PF01535 PPR 317-347 aa PF13812 PPR_3 337-385 aa PF12854 PPR_1 346-378 aa PF01535 PPR 352-381 aa PF01535 PPR 393-416 aa PF01535 PPR 425-453 aa PF01535 PPR 467-496 aa PF01535 PPR 503-529 aa PF23276 TPR_24 510-625 aa PF01535 PPR 537-564 aa PF01535 PPR 572-600 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 179 207 1.5e-67 219.9 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 197 253 1.5e-38 131.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057779135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 211 256 1.4e-82 272.3 PPR repeat family
XP_057779135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 213 242 1.5e-67 219.9 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 241 273 4.8e-65 215.7 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 248 275 1.5e-67 219.9 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 248 291 1.4e-82 272.3 PPR repeat family
XP_057779135.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 264 389 2.6e-24 86.5 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057779135.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 268 327 1.5e-38 131.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057779135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 276 308 4.8e-65 215.7 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 279 326 1.4e-82 272.3 PPR repeat family
XP_057779135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 282 312 1.5e-67 219.9 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 306 358 1.5e-38 131.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057779135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 310 343 4.8e-65 215.7 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 314 363 1.4e-82 272.3 PPR repeat family
XP_057779135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 317 347 1.5e-67 219.9 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 337 385 1.5e-38 131.4 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057779135.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 346 378 4.8e-65 215.7 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 352 381 1.5e-67 219.9 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 393 416 1.5e-67 219.9 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 425 453 1.5e-67 219.9 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 467 496 1.5e-67 219.9 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 503 529 1.5e-67 219.9 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 510 625 1.8e-28 99.8 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057779135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 537 564 1.5e-67 219.9 PPR repeat
XP_057779135.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 572 600 1.5e-67 219.9 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923152.1
AAAAGAAAAAAGATTAGCGTATAGTAATAAATTGAGTTGAAGCGAAAGCTGCCGGGCTCCTTTAAACCCTAAAACTAGAATGGAACTCAGCTCCTCAAAACCCTGCTCATTCCCCCTCTCTCTGTAACCCAATCTCGATCCCATTGATTCACTAAGCTGATCAAAAATGGTGCGTCTAGCTGCATCCAAACAGATCCATTTGAATCCACATCTCGCGAGGCTTCCATCCCCATTTCCCTTCAAATCGCTCTCCTTCTGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997742
ATGGTGCGTCTAGCTGCATCCAAACAGATCCATTTGAATCCACATCTCGCGAGGCTTCCATCCCCATTTCCCTTCAAATCGCTCTCCTTCTGCTCCTCCGCGCCGTCGAACCCTATCCCAAATGAAGAACTCCCCATCTCCGCAGATCCAAATCACGATTCTTCATCAACAGAAACGGAGGTGGCCCCACCACCTTTCCGAGAACTCAGGCGCCCTAGGAACCCGGAAAAAATAGAGGATACTATTTGCAGAATGATGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779135.1
MVRLAASKQIHLNPHLARLPSPFPFKSLSFCSSAPSNPIPNEELPISADPNHDSSSTETEVAPPPFRELRRPRNPEKIEDTICRMMDNRPWTTRLQNSIRRLVPSFDHELVYNVLHGAKNSGHALQFFRWVERSNLFQHDRENHLKMIEILGRASKLNHARCILLDMPKKGLKWDEDLWVVMIDSYGKAGIVQESVKLFQKMEELGVDRTIKSYDVLFKVIMRRGRYMMAKRYFNKMLSEGIEPTRHTFNVLIWGFFLSG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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