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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003165

染色体: Chr08 坐标: 32282864-32286532 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003165
名称SmilChr08G003165
描述uncharacterized SmilChr08G003165
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向32282864 - 32286532 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998338
GeneID130998338
locus_tag-
NCBI NameLOC130998338
原始查询SmilChr08G003165

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G66235 (AT1G66235)
no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]
identity=28; qcov=0.623; evalue=3.94e-11; confidence=low
RiceOs06g0521000
-
identity=33.1; qcov=0.599; evalue=3.98e-19; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998338

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779746.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779746.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779746.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779746.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779746.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:32282868 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B4,C36,C46
Chr8:32282872 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B120,B127,C3,C33
Chr8:32282903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,C27,C29,C53
Chr8:32285968 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C72
Chr8:32285975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C72
Chr8:32285977 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B41,C37,C4
Chr8:32286033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B91,C72
Chr8:32286065 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C71
Chr8:32286074 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B122,B13,B63,B93,B96,C16,C17,C57,C64
Chr8:32286179 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C9
Chr8:32286299 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B134,C2,D7
Chr8:32286321 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923763.1
ATGCAAGAATCCAATGCCTTTCAAGCGGCGGGCACCAATTTGAACCCCCGTTTTGCCGCCGTTGCCGAGCCCGAGCCCGACGTGGAGGAGATTGCTTCTATGCCGGCGGCATCCAAACGTAGCAACTATTATCCGGCAGAAACGGTGCTAATTTGCCGTTTGTATTGCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGTCGATCAAAAAGGGACGAAGTTTTGGGGCTCCCTCTGCGCCGAGTACAACGCTAAAAGGCCCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998338
ATGCAAGAATCCAATGCCTTTCAAGCGGCGGGCACCAATTTGAACCCCCGTTTTGCCGCCGTTGCCGAGCCCGAGCCCGACGTGGAGGAGATTGCTTCTATGCCGGCGGCATCCAAACGTAGCAACTATTATCCGGCAGAAACGGTGCTAATTTGCCGTTTGTATTGCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGTCGATCAAAAAGGGACGAAGTTTTGGGGCTCCCTCTGCGCCGAGTACAACGCTAAAAGGCCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779746.1
MQESNAFQAAGTNLNPRFAAVAEPEPDVEEIASMPAASKRSNYYPAETVLICRLYCEHTHDSVVGVDQKGTKFWGSLCAEYNAKRPEGSISRDVTQIKSHFQRVSKDTKRFEAMHKKCHDQWKSGMSDIQILEQAEAMWLAEYRVPFRYSHAWKILRESKKFSSLGGDVHSDVHSDKRSKGSDGQERQAERTDLGDDLLHFVGCLVGAPVGT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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