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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003177`

染色体: Chr08 坐标: 32506089-32509867 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003177`
名称	SmilChr08G003177
描述	RNA polymerase sigma factor sigF, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	32506089 - 32509867 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997756`
GeneID	`130997756`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997756`
原始查询	`SmilChr08G003177`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA polymerase sigma factor sigF, chloroplastic
产物	RNA polymerase sigma factor sigF%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G36990` (SIGF) RNApolymerase sigma-subunit F [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818273] identity=52.8; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os08g0242800` (OsSIG6) - identity=49.6; qcov=0.656; evalue=2.54e-120; confidence=high
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006352 (DNA-templated transcription initiation); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF04539 (Sigma70_r3); PF04542 (Sigma70_r2); PF04545 (Sigma70_r4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997756

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057779151.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.20000	`XP_057779151.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779151.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779151.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779151.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:32506455`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C73
`Chr8:32506535`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B121,B123,B79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779151.1

550 aa

275

550

Sigma70_r2

Sigma70_r3

Sigma70_r4

PF04542 Sigma70_r2 317-384 aa PF04539 Sigma70_r3 395-467 aa PF04545 Sigma70_r4 482-535 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779151.1`	Pfam	`PF04542`	Sigma70_r2	Domain	317	384	9e-18	64.5	Sigma-70 region 2
`XP_057779151.1`	Pfam	`PF04539`	Sigma70_r3	Family	395	467	1.1e-14	54.9	Sigma-70 region 3
`XP_057779151.1`	Pfam	`PF04545`	Sigma70_r4	Domain	482	535	2.4e-18	66.1	Sigma-70, region 4

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923168.1
GGTCAGTCTATCAAAAATATCGAGAAATACCTCATCCATTTGATGATGGGTTTATCTCTGCTCTCAGGCATCGACCCCTTCTCATTTGCTTCATATATCTCTGCAACTAACTAAACTGAAAAAACTTTCCCTCTTTATTCGGTGTTTATTTATTTATGTTTACTTCCATTTTTCAATCACAAAAGTTGGTGTATGGAGGCGGGAAGGAGCTTGGTTTCTTCTCCACTTCAATTTACTCTCAGAACCCATCTCAGGAATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997756
ATGGAGGCGGGAAGGAGCTTGGTTTCTTCTCCACTTCAATTTACTCTCAGAACCCATCTCAGGAATCGTTCCTCCTCCTCTTCAGTTTTGCTGCTGCATGAGCAAGTAACTCCAGCTCTTAGCTCTCCATCAACCACTTCAGTTTTTATTCAGGATCAGCGTAACGATAGCAGGCCATTGCTATGTTTAAAAGAAGACAGCACATTTCAGAAAACACTTGATAGGCAACTTGGACCTGCATCTTCGTCTCATGATGGGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779151.1
MEAGRSLVSSPLQFTLRTHLRNRSSSSSVLLLHEQVTPALSSPSTTSVFIQDQRNDSRPLLCLKEDSTFQKTLDRQLGPASSSHDGGDDVDPNQHENDIELQLLRRPELWYLLASLRKKDTSVPGTAESISSKSIDSTDLEADHVVALAREAFSACKEAMSIAKHAKILGVDVDDFSSIRGLVNDPVRRTVRSTRLLERQTKRRRVPKPKVEFQETNHHKKAGSHRKFDTRFDPNDPLRLFLRGPETTELLNATEEAELI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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