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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003183

染色体: Chr08 坐标: 32562751-32567723 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003183
名称SmilChr08G003183
描述uncharacterized SmilChr08G003183
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向32562751 - 32567723 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997762
GeneID130997762
locus_tag-
NCBI NameLOC130997762
原始查询SmilChr08G003183

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述TRF-like 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818277]; symbol=TRFL8; hit=AT2G37025; species=arabidopsis; confidence=weak
产物TRF-like 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818277]; symbol=TRFL8; hit=AT2G37025; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT2G37025 (TRFL8)
TRF-like 8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818277]
identity=50; qcov=0.199; evalue=1.5e-29; confidence=weak
RiceOs02g0776700
-
identity=53.6; qcov=0.179; evalue=2.66e-25; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF00249 (Myb_DNA-binding); PF13921 (Myb_DNA-bind_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997762

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779169.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779169.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779169.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779169.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057779169.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:32564306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr8:32565025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr8:32565958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B34,B40
Chr8:32566628 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr8:32566913 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:32566937 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B108,B130
Chr8:32567317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779169.1
636 aa
N
1
318
636
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 511-558 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 511-561 aa
XP_057779170.1
636 aa
N
1
318
636
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 511-558 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 511-561 aa
XP_057779171.1
636 aa
N
1
318
636
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 511-558 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 511-561 aa
XP_057779172.1
636 aa
N
1
318
636
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 511-558 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 511-561 aa
XP_057779173.1
628 aa
N
1
314
628
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 503-550 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 503-553 aa
XP_057779174.1
628 aa
N
1
314
628
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 503-550 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 503-553 aa
XP_057779176.1
542 aa
N
1
271
542
Myb_DNA-binding
Myb_DNA-bind_6
C
PF00249 Myb_DNA-binding 417-464 aa PF13921 Myb_DNA-bind_6 417-467 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779169.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 511 558 1.8e-08 35.1 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779169.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 511 561 3.1e-06 28.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779170.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 511 558 1.8e-08 35.1 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779170.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 511 561 3.1e-06 28.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779171.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 511 558 1.8e-08 35.1 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779171.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 511 561 3.1e-06 28.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779172.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 511 558 1.8e-08 35.1 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779172.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 511 561 3.1e-06 28.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779173.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 503 550 1.8e-08 35.1 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779173.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 503 553 3e-06 28.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779174.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 503 550 1.8e-08 35.1 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779174.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 503 553 3e-06 28.0 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779176.1 Pfam PF00249 Myb_DNA-binding Domain 417 464 1.4e-08 35.4 Myb-like DNA-binding domain
XP_057779176.1 Pfam PF13921 Myb_DNA-bind_6 Domain 417 467 2.4e-06 28.3 Myb-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923188.1
CGCCAAGCAACATATTCCATTACAACTTTGTGAAATCCTTTTCGATTCCGCCTAATAAATGCTACATTCTCTCACATTTCCCCACGAACCTTCTCTTTCCTACTCTCTCTCAAAACACACTGAAGCGGACTACTCGGCCAGCTGAAGCGTTAGGTAATGGGGAATGGACCTCCAACAATTGAATTTGAAGATGGGACAGTTGATGTTGAACATCTGCTTGTAGAACCCCAAGATGGGCATGTCTCAGTGGATAGTGTCAT...
XM_057923190.1
CGCCAAGCAACATATTCCATTACAACTTTGTGAAATCCTTTTCGATTCCGCCTAATAAATGCTACATTCTCTCACATTTCCCCACGAACCTTCTCTTTCCTACTCTCTCTCAAAACACACTGAAGCGGACTACTCGGCCAGCTGAAGCGTTAGGTAATGGGGAATGGACCTCCAACAATTGAATTTGAAGATGGGACAGTTGATGTTGAACATCTGCTTGTAGAACCCCAAGATGGGCATGTCTCAGTGGATAGTGTCAT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC130997762
ATGGGGAATGGACCTCCAACAATTGAATTTGAAGATGGGACAGTTGATGTTGAACATCTGCTTGTAGAACCCCAAGATGGGCATGTCTCAGTGGATAGTGTCATGTGTTTTAATGAGAAGATCTCAGAGAAAGCTATCGACATCCGAGAGGTTTCCCGCACTTTTGGTGTGACGAGTGCTGGTACTGCTCATGAAGGGGGAGATATTCTCAATAGAGATGTACTTGATTTGCACACTGAAGATGACAGTGGCTATTTTAG...
LOC130997762
ATGGGGAATGGACCTCCAACAATTGAATTTGAAGATGGGACAGTTGATGTTGAACATCTGCTTGTAGAACCCCAAGATGGGCATGTCTCAGTGGATAGTGTCATGTGTTTTAATGAGAAGATCTCAGAGAAAGCTATCGACATCCGAGAGGTTTCCCGCACTTTTGGTGTGACGAGTGCTGGTACTGCTCATGAAGGGGGAGATATTCTCAATAGAGATGTACTTGATTTGCACACTGAAGATGACAGTGGCTATTTTAG...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057779169.1
MGNGPPTIEFEDGTVDVEHLLVEPQDGHVSVDSVMCFNEKISEKAIDIREVSRTFGVTSAGTAHEGGDILNRDVLDLHTEDDSGYFRLQNDFCSMGEEYLLENCCIGYAGVGFAESITDLEYVSSECLQTSVSDSPVLTCAGIDSPWKSDIFRIMEVPECQNEVVDLKNSEFGEIPRPQHESENLTEKKPLKSPKENIGKVHDISRHSFDDLPSDENATSLPQPVKMFSGPKNEKSDEYVQTGQSSESNRVHRQDESITL...
XP_057779170.1
MGNGPPTIEFEDGTVDVEHLLVEPQDGHVSVDSVMCFNEKISEKAIDIREVSRTFGVTSAGTAHEGGDILNRDVLDLHTEDDSGYFRLQNDFCSMGEEYLLENCCIGYAGVGFAESITDLEYVSSECLQTSVSDSPVLTCAGIDSPWKSDIFRIMEVPECQNEVVDLKNSEFGEIPRPQHESENLTEKKPLKSPKENIGKVHDISRHSFDDLPSDENATSLPQPVKMFSGPKNEKSDEYVQTGQSSESNRVHRQDESITL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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