Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003187

染色体: Chr08 坐标: 32615589-32619248 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003187
名称SmilChr08G003187
描述adenosine kinase 2-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向32615589 - 32619248 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997764
GeneID130997764
locus_tag-
NCBI NameLOC130997764
原始查询SmilChr08G003187

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述adenosine kinase 2-like
产物adenosine kinase 2-like
ArabidopsisAT5G03300 (ADK2)
adenosine kinase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831882]
identity=82; qcov=1; evalue=1.03e-167; confidence=high
RiceOs04g0518000
-
identity=80.2; qcov=1; evalue=1.02e-163; confidence=high
GOGO:0004001 (adenosine kinase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006166 (purine ribonucleoside salvage)
KEGGsmil00230 (Purine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01232 (Nucleotide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00294 (PfkB)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997764

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779177.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057779177.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057779177.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057779177.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779177.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:32615801 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 31 A1,A18,A21,B1,B10,B107,B123,B130,B135,B16,B30,B50,B57,B62,B83,B86,C15,C19,C20,C23,C26,C32,C34,C56,C6,C68,C74,C80,C84,C9,D3
Chr8:32615849 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 D3
Chr8:32615849 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 1 D3
Chr8:32615850 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C74
Chr8:32615850 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C74
Chr8:32615852 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,D3
Chr8:32616088 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr8:32616096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,C36,C40
Chr8:32616150 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 103 A1,A10,A13,A16,A2,A20,A22,A3,A4,A5,A6,A8,A9,B1,B100,B104,B105,B109,B110,B111,B114,B117,B121,B122,B127,B129,B13,B131,B133,B15,B16,B18,B21,B23,B26,B32,B33,B34,B35,B4,B47,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B59,B6,B62,B65,B68,B71,B73,B76,B79,B80,B82,B85,B87,B88,B9,B92,B94,B95,B96,B99,C12,C21,C22,C23,C26,C28,C29,C30,C33,C40,C42,C47,C49,C52,C54,C59,C60,C61,C67,C69,C7,C75,C76,C78,C83,C84,C85,C9,D1,D11,D2,D3,D5,D7,D8
Chr8:32616163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr8:32616190 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 217 A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B128,B129,B13,B130,B132,B133,B134,B135,B136,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B22,B23,B26,B27,B28,B29,B30,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B42,B44,B45,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B52,B54,B55,B56,B57,B59,B6,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B74,B76,B77,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B88,B9,B90,B92,B93,B95,B96,B97,B99,C1,C12,C13,C14,C15,C16,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C30,C31,C32,C33,C34,C36,C37,C38,C39,C40,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C50,C51,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C8,C84,C85,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D6,D7,D8,D9
Chr8:32616198 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 A19,B58,C71,C9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779177.1
267 aa
N
1
134
267
PfkB
C
PF00294 PfkB 7-261 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779177.1 Pfam PF00294 PfkB Domain 7 261 7.9e-64 216.6 pfkB family carbohydrate kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923194.1
AGAGGATTTACATCAAACAAACACACATTATATACGCCTCAGTCACGCACCGCTACACGCCTACTTCGCTCGTTGAGTCCCTTCATTTTCAGATTTCTGAAAATTTACGTTCGATTGATCTCTTTCCTTGTGGAGAGTTTAAATGGAGTACGAAGGAATCCTTCTGGGAATGGGCAATCCGCTTCTGGATATCTCTGCTGTGGTGGATCAAGGATTCCTAGACAAATATAATCTTAAGTCAAATGATGCAATTCTGGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997764
ATGCTTCAAATTCCTGGTGCAACTGCTTACATAGGATCGATTGGAAAGGACAAATTTGGGGAGGAAATGAAGAAAAAAGCATTACAATCTGGTGTTAATATTTGCTATTATGAAGATGAATCTCCTACTGGTACTTGTGCTGTATGTGTGATGGGTCACGAACGGTCACTTGTTGCCAATTTGTCAGCTGCAAACTGCTATAAAACTGATCATTTGAAGAAACCAGAAAATTGGGCATTGGTGGAAAAGGCCAAATTCTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779177.1
MLQIPGATAYIGSIGKDKFGEEMKKKALQSGVNICYYEDESPTGTCAVCVMGHERSLVANLSAANCYKTDHLKKPENWALVEKAKFYYIAGFFLTVSPESIMLVGEHAASKNKVFMMNLSAPFICEFFKDVQERVFPYIDYLFGNETEARTFSKVHGWETEDVEEIALKISQWPKASGAHKRITVITQGADPVVIAEDGKVKLFPVTLLPKEQLVDTNGAGDAFVGGFLSQLVLNKPIEDCVKAGCYAANVIIQRSGCTY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器