当前解析结果
SmilChr08G003202| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003202 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003202 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 86A1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 32834852 - 32836652 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130997780 |
|---|---|
| GeneID | 130997780 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997780 |
| 原始查询 | SmilChr08G003202 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 86A1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 86A1-like |
| Arabidopsis | AT2G36970 (AT2G36970)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818271] identity=49; qcov=1.01; evalue=2.68e-161; confidence=high |
| Rice | Os10g0442400- identity=43.3; qcov=1.01; evalue=1.15e-141; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997780 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057779187.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057779187.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057779187.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779187.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779187.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:32835121 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr8:32835175 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B68 |
Chr8:32835236 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr8:32835255 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 86 | A1,A11,A14,A15,A16,A25,A3,A6,A9,B1,B10,B101,B103,B105,B11,B112,B118,B12,B122,B124,B127,B139,B14,B16,B18,B21,B27,B28,B29,B38,B39,B41,B42,B43,B45,B49,B52,B53,B54,B60,B61,B64,B67,B72,B74,B78,B80,B83,B88,B90,B94,B95,C12,C13,C17,C20,C21,C24,C25,C26,C27,C29,C30,C35,C37,C38,C41,C44,C46,C48,C53,C55,C59,C6,C64,C65,C66,C68,C7,C70,C77,C84,C85,C87,D5,D8 |
Chr8:32835261 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 26 | A1,A25,A6,B1,B103,B11,B12,B127,B27,B41,B53,B60,B61,B72,B80,B88,C12,C25,C26,C29,C30,C6,C64,C65,C66,C70 |
Chr8:32835271 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,B127 |
Chr8:32835319 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A16,B76,C21 |
Chr8:32835423 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B12,C30 |
Chr8:32835423 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B12,C30 |
Chr8:32835430 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C30 |
Chr8:32835430 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | C30 |
Chr8:32835446 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,C55 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779187.1PF00201
UDPGT 276-401 aa
XP_057779188.1PF00201
UDPGT 275-400 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779187.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 276 | 401 | 3.6e-23 | 82.9 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
XP_057779188.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 275 | 400 | 3.3e-23 | 83.0 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。