Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003206`

染色体: Chr08 坐标: 32887958-32890153 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003206`
名称	SmilChr08G003206
描述	UDP-glycosyltransferase 86A1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	32887958 - 32890153 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997786`
GeneID	`130997786`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997786`
原始查询	`SmilChr08G003206`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UDP-glycosyltransferase 86A1-like
产物	UDP-glycosyltransferase 86A1-like
Arabidopsis	`AT2G36970` (AT2G36970) UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818271] identity=51.5; qcov=1.01; evalue=4.19e-171; confidence=high
Rice	`Os10g0442400` - identity=45.8; qcov=1.01; evalue=1.02e-150; confidence=high
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997786

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057779193.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057779193.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779193.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779193.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779193.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:32888347`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,B54,C9
`Chr8:32888448`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A7,B1,B80,C25,D6
`Chr8:32888493`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr8:32888842`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr8:32888848`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B12
`Chr8:32888869`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr8:32888869`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B104
`Chr8:32888906`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B51
`Chr8:32888906`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B51
`Chr8:32888952`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr8:32889027`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr8:32889098`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779193.1

470 aa

235

470

UDPGT

PF00201 UDPGT 266-427 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779193.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	266	427	3.1e-20	73.2	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923210.1
TGAGTTTTCATTATATTTTTTCAACCCTATCCAAAATAGTAAGCGAGACAATAATAGTGGCAGAGAGAACATTTGTTAGCCTTACTACTAACAAAATTAAATGATAACTTCTTTTAGTGAGATTTGGAAATGATACTTTAATCTGTGGATCACAATCGCACTGGTATATTAATGAGCAGTAGGTAATTTCTATTTCTAATTTTTTTTTTTCTTTCTTAAATGGAAATGGAAATCGAACTCATTAATTACCTAACGGAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997786
ATGGCACCGCATGCAATAATGGTTTCATTCCACCTTCAAGGCCACATCATCCCCTTCGTCAACCTCGCCCTTAAGCTTGCTTCCAAGGGCTTCTCCATTACCTTCGCCCACCTCCACTTCGTCCACCAACACATCTCCCAATCTCAACACGACGCCGATCCCTTCGCCGCTGCTCGCACCTCCGGCCTCGACATCCGCTACACAACCTTCAGCGACGGCTTCCCCCTCGATTTCGACCGCGCCTTCGACGCCGAGTATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779193.1
MAPHAIMVSFHLQGHIIPFVNLALKLASKGFSITFAHLHFVHQHISQSQHDADPFAAARTSGLDIRYTTFSDGFPLDFDRAFDAEYLKFFRDGYPDKVDQLVGKILQSDSSTAASNYFLIADTFCAWPEKIAKKYGLVNVSFWTQPALVFSLYYHLELLRGKGHVPVDGRREMVDYVPGVDSINTKDFMSYLHDTELEVIHDVIFRAFDAVKSADFILCNTVEELEADTISALQQKQPFYAIGPLFPADFATKSIARSLM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器