Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003209`

染色体: Chr08 坐标: 32919266-32923250 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003209`
名称	SmilChr08G003209
描述	UDP-glycosyltransferase 86A1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	32919266 - 32923250 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997787`
GeneID	`130997787`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997787`
原始查询	`SmilChr08G003209`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	UDP-glycosyltransferase 86A1-like
产物	UDP-glycosyltransferase 86A1-like
Arabidopsis	`AT2G36970` (AT2G36970) UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818271] identity=48.6; qcov=0.992; evalue=9.01e-165; confidence=high
Rice	`Os10g0442400` - identity=44; qcov=1.01; evalue=8.97e-149; confidence=medium
GO	GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00201 (UDPGT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997787

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057779194.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057779194.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779194.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779194.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779194.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:32919301`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D10
`Chr8:32919301`	`GCT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D10
`Chr8:32919340`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B9,C71
`Chr8:32919454`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C69,D10
`Chr8:32919485`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B118,C53,C84
`Chr8:32919715`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr8:32919728`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C87
`Chr8:32921955`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B115,B60,B98,C80
`Chr8:32922241`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B4,B54,C9
`Chr8:32922255`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr8:32922309`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,C8
`Chr8:32922390`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779194.1

477 aa

238

477

UDPGT

PF00201 UDPGT 265-399 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779194.1`	Pfam	`PF00201`	UDPGT	Family	265	399	2.1e-17	63.9	UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923211.1
ATGGGAAGCGCAAAATGGCATGCAATAATGATCTCGCTCCCACACCAAGGCCACATCAACCCATTCGTCCACCTCGCCCTCAAGCTCGCCTCCAAGGGCTTCACCGTCACTTTCGTCCACCTCGAATCCGTCCATTACAAACTCGGCCGCGAGGCCGATCCGTTCTCGGAGGCGCGGCGGTCGGGCCTCGACATCCGCTACGCCACCATTGGCGACGGGCTTCCCCTGGAGTTCGATCGCGACCTCCACTTCGAGGAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997787
ATGGGAAGCGCAAAATGGCATGCAATAATGATCTCGCTCCCACACCAAGGCCACATCAACCCATTCGTCCACCTCGCCCTCAAGCTCGCCTCCAAGGGCTTCACCGTCACTTTCGTCCACCTCGAATCCGTCCATTACAAACTCGGCCGCGAGGCCGATCCGTTCTCGGAGGCGCGGCGGTCGGGCCTCGACATCCGCTACGCCACCATTGGCGACGGGCTTCCCCTGGAGTTCGATCGCGACCTCCACTTCGAGGAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779194.1
MGSAKWHAIMISLPHQGHINPFVHLALKLASKGFTVTFVHLESVHYKLGREADPFSEARRSGLDIRYATIGDGLPLEFDRDLHFEEHWRVMMRDFPARVDEFVGKAMRSDPDWEYLLVTDTFYPWPAVVAPKYNLVNVSFWTQTALTFALPYHWHLLQLNGHFPCKDKMEEEIDYIPGVESINTKDVMSYLKESGVSSIVTKAMAAAFDAVKSADFILHNTMHELEPQTLSALHKYQPNYAVGPLNFSKNLHHSAVSNSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器