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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003230

染色体: Chr08 坐标: 33223827-33229576 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003230
名称SmilChr08G003230
描述protein PTST homolog 3, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向33223827 - 33229576 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997802
GeneID130997802
locus_tag-
NCBI NameLOC130997802
原始查询SmilChr08G003230

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PTST homolog 3, chloroplastic
产物protein PTST homolog 3%2C chloroplastic
ArabidopsisAT5G03420 (AT5G03420)
5'-AMP-activated protein kinase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831846]
identity=40.5; qcov=0.752; evalue=2.73e-59; confidence=medium
RiceOs03g0686900 (FLO6)
-
identity=36.5; qcov=0.33; evalue=2.21e-17; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF16561 (AMPK1_CBM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997802

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057779216.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.60000 XP_057779216.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779216.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779216.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779216.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:33224083 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr8:33224228 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr8:33224283 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr8:33224320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr8:33225313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:33226420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr8:33226721 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 47 A18,A4,B106,B111,B113,B114,B117,B120,B125,B129,B132,B139,B17,B23,B34,B37,B4,B40,B46,B50,B52,B6,B69,B75,B82,B84,B85,B86,B9,B99,C1,C15,C21,C25,C29,C30,C34,C36,C46,C60,C72,C75,C76,C87,D1,D6,D8
Chr8:33227951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B49,C32,C68
Chr8:33228468 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr8:33229054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,C4
Chr8:33229061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779216.1
449 aa
N
1
224
449
AMPK1_CBM
C
PF16561 AMPK1_CBM 351-442 aa
XP_057779217.1
449 aa
N
1
224
449
AMPK1_CBM
C
PF16561 AMPK1_CBM 351-442 aa
XP_057779218.1
440 aa
N
1
220
440
AMPK1_CBM
C
PF16561 AMPK1_CBM 342-433 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779216.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 351 442 1.2e-16 61.4 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
XP_057779217.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 351 442 1.2e-16 61.4 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase
XP_057779218.1 Pfam PF16561 AMPK1_CBM Family 342 433 1.2e-16 61.4 Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093192.1
ATTTTTGAATCCCTCTTTCAGAAATCAGAATCAGAATCAGAACAAGAAACGGAAACCATAAAATTTGTGGCGAATAGAGAGAGAAGCAGAATTGAAGCCCTCTGTAACTCAATGCTGCACACCCCATCTCTCCTTGCTTTATCTCATGGCCACCCTTCATCACTTCCCCTGTTTTCACTCTCTCTCCTCTCCTAAAATCTCCTTCTCTTTCCATTTTCCATCACCCTACTCCGGTCTCAACCGCCTCCACAACTTCCGTT...
XR_009093193.1
ATTTTTGAATCCCTCTTTCAGAAATCAGAATCAGAATCAGAACAAGAAACGGAAACCATAAAATTTGTGGCGAATAGAGAGAGAAGCAGAATTGAAGCCCTCTGTAACTCAATGCTGCACACCCCATCTCTCCTTGCTTTATCTCATGGCCACCCTTCATCACTTCCCCTGTTTTCACTCTCTCTCCTCTCCTAAAATCTCCTTCTCTTTCCATTTTCCATCACCCTACTCCGGTCTCAACCGCCTCCACAACTTCCGTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130997802
ATGGCCACCCTTCATCACTTCCCCTGTTTTCACTCTCTCTCCTCTCCTAAAATCTCCTTCTCTTTCCATTTTCCATCACCCTACTCCGGTCTCAACCGCCTCCACAACTTCCGTTACTCTACAATTTCCGCTTCATTGGTCAAAAAACCCCCCAGAGCTAGTAGGAAACCGAAGAGCGATGAAGAGCTTTGCAATGATATCAAATATTTCTTATCCAGTGTTGGACTTCCTGAAAATCATGTACCTACGACGAAGGAGCT...
LOC130997802
ATGGCCACCCTTCATCACTTCCCCTGTTTTCACTCTCTCTCCTCTCCTAAAATCTCCTTCTCTTTCCATTTTCCATCACCCTACTCCGGTCTCAACCGCCTCCACAACTTCCGTTACTCTACAATTTCCGCTTCATTGGTCAAAAAACCCCCCAGAGCTAGTAGGAAACCGAAGAGCGATGAAGAGCTTTGCAATGATATCAAATATTTCTTATCCAGTGTTGGACTTCCTGAAAATCATGTACCTACGACGAAGGAGCT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057779216.1
MATLHHFPCFHSLSSPKISFSFHFPSPYSGLNRLHNFRYSTISASLVKKPPRASRKPKSDEELCNDIKYFLSSVGLPENHVPTTKELSRYGRQDLANIVRRRGYKFIRQLLETASTAKFIGSDTDTGQTGNLEMLGQSEKQNVLLVELLSDESKEEDSNCCIEEDEELQRNDQSSVAAESLSLQEKVARFILLGELDQTEDGELGITNDEKGDEEGKTAESEHSNEPEFAFSMSNGNFPSSAVKVEDPALETTTSRNSCI...
XP_057779217.1
MATLHHFPCFHSLSSPKISFSFHFPSPYSGLNRLHNFRYSTISASLVKKPPRASRKPKSDEELCNDIKYFLSSVGLPENHVPTTKELSRYGRQDLANIVRRRGYKFIRQLLETASTAKFIGSDTDTGQTGNLEMLGQSEKQNVLLVELLSDESKEEDSNCCIEEDEELQRNDQSSVAAESLSLQEKVARFILLGELDQTEDGELGITNDEKGDEEGKTAESEHSNEPEFAFSMSNGNFPSSAVKVEDPALETTTSRNSCI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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