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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003232

染色体: Chr08 坐标: 33233775-33237175 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003232
名称SmilChr08G003232
描述uncharacterized SmilChr08G003232
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向33233775 - 33237175 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997807
GeneID130997807
locus_tag-
NCBI NameLOC130997807
原始查询SmilChr08G003232

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832993]; symbol=AT5G28780; hit=AT5G28780; species=arabidopsis; confidence=high
产物PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832993]; symbol=AT5G28780; hit=AT5G28780; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G28780 (AT5G28780)
PIF1 helicase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832993]
identity=45.9; qcov=1; evalue=3.75e-52; confidence=high
RiceOs04g0206200
-
identity=46.8; qcov=0.877; evalue=8.02e-47; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF21530 (Pif1_2B_dom)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997807

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057779230.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057779230.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779230.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779230.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779230.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:33233786 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B33,C32,C68
Chr8:33233786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B33,C32,C68
Chr8:33233787 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C23,C43
Chr8:33233828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:33233841 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr8:33233850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr8:33233862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,D4
Chr8:33233895 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr8:33233909 C CCA 2bp_insertion frameshift_variant 23 A1,A19,A5,B110,B129,B130,B48,B52,B56,B62,B66,B7,B76,B86,C33,C5,C60,C62,C64,C74,C81,C86,D4
Chr8:33233910 TGG T 2bp_deletion frameshift_variant 23 A1,A19,A5,B110,B129,B130,B48,B52,B56,B62,B66,B7,B76,B86,C33,C5,C60,C62,C64,C74,C81,C86,D4
Chr8:33233930 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 27 A1,A11,A19,A5,B110,B129,B130,B4,B48,B52,B56,B62,B66,B7,B76,B78,B86,C33,C5,C60,C62,C64,C65,C74,C81,C86,D4
Chr8:33233942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779230.1
195 aa
N
1
98
195
Pif1_2B_dom
C
PF21530 Pif1_2B_dom 35-81 aa
XP_057779231.1
195 aa
N
1
98
195
Pif1_2B_dom
C
PF21530 Pif1_2B_dom 35-81 aa
XP_057779232.1
195 aa
N
1
98
195
Pif1_2B_dom
C
PF21530 Pif1_2B_dom 35-81 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779230.1 Pfam PF21530 Pif1_2B_dom Domain 35 81 2.1e-24 85.7 DNA helicase Pif1, 2B domain
XP_057779231.1 Pfam PF21530 Pif1_2B_dom Domain 35 81 2.1e-24 85.7 DNA helicase Pif1, 2B domain
XP_057779232.1 Pfam PF21530 Pif1_2B_dom Domain 35 81 2.1e-24 85.7 DNA helicase Pif1, 2B domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923249.1
TACAGGTATAGGCTAAGGGTTGAGATAGCTGATGACTCTGGAGTTGCATCTTTTATTTTATGGGATAGAGAATGTATGCAACTAATCGGAAAGACAGCAGGAGAATTAAGTGTTGTAAGTATTATGATATTAGACATTACAAACATATAATTATTATTTGACTAACTTTTTTTATATTTAAAATGCCATAGGAATTTGGAAGCAGTGACATGCCATTCGATGCAAGCGCTATTGATGTTAAAATAGCTCTGTTCAAGATT...
XM_057923248.1
TACAGGTATAGGCTAAGGGTTGAGATAGCTGATGACTCTGGAGTTGCATCTTTTATTTTATGGGATAGAGAATGTATGCAACTAATCGGAAAGACAGCAGGAGAATTAAGTGTTGTAAGTATTATGATATTAGACATTACAAACATATAATTATTATTTGACTAACTTTTTTTATATTTAAAATGCCATAGGAATTTGGAAGCAGTGACATGCCATTCGATGCAAGCGCTATTGATGTTAAAATAGCTCTGTTCAAGATT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130997807
ATGATCTCATTGAACACTTGTGAAGGAAGACTGTATCTAAGTTCAGATACAATGTGTAAATCAGATTCAACCACAAAATTGTTGCAACAAATACACACTCCAGAATTCTTAAATAGTATCAAATGCTCTGGTGTGCCAAACCATGAACTATTTTTGAAAGTGGGGACACCAATCATGCTATTGAGAAACATAGACCATGCAAATGGATTGTGTAATGGAACTCGCTTAGTGGTCACAAAACTTGGTAATCATGTCTTGGA...
LOC130997807
ATGATCTCATTGAACACTTGTGAAGGAAGACTGTATCTAAGTTCAGATACAATGTGTAAATCAGATTCAACCACAAAATTGTTGCAACAAATACACACTCCAGAATTCTTAAATAGTATCAAATGCTCTGGTGTGCCAAACCATGAACTATTTTTGAAAGTGGGGACACCAATCATGCTATTGAGAAACATAGACCATGCAAATGGATTGTGTAATGGAACTCGCTTAGTGGTCACAAAACTTGGTAATCATGTCTTGGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057779230.1
MISLNTCEGRLYLSSDTMCKSDSTTKLLQQIHTPEFLNSIKCSGVPNHELFLKVGTPIMLLRNIDHANGLCNGTRLVVTKLGNHVLEAKILMGDNAGEKVLIPRMTLTPADPRLPFKFQRRQFPIIVSYAMTINKSQGQSLSHVGLILQKPVFTHGQLYVAISRVRSRSGLKILVCDNDSSRTTNVVYKEVFQNL
XP_057779231.1
MISLNTCEGRLYLSSDTMCKSDSTTKLLQQIHTPEFLNSIKCSGVPNHELFLKVGTPIMLLRNIDHANGLCNGTRLVVTKLGNHVLEAKILMGDNAGEKVLIPRMTLTPADPRLPFKFQRRQFPIIVSYAMTINKSQGQSLSHVGLILQKPVFTHGQLYVAISRVRSRSGLKILVCDNDSSRTTNVVYKEVFQNL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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