Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003233

染色体: Chr08 坐标: 33238606-33241789 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003233
名称SmilChr08G003233
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71420-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向33238606 - 33241789 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997805
GeneID130997805
locus_tag-
NCBI NameLOC130997805
原始查询SmilChr08G003233

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71420-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71420-like
ArabidopsisAT1G71420 (AT1G71420)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843483]
identity=55; qcov=0.847; evalue=9.87e-56; confidence=high
RiceOs03g0317100
-
identity=47.1; qcov=0.881; evalue=1.06e-47; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997805

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057779224.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057779225.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779224.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779224.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779224.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:33239841 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 86 A11,A14,A15,A19,A2,A20,A24,A5,A6,A7,B100,B101,B102,B103,B106,B107,B111,B119,B12,B121,B122,B123,B130,B135,B137,B138,B139,B15,B16,B17,B24,B26,B29,B31,B32,B33,B34,B38,B39,B40,B45,B47,B48,B5,B50,B52,B56,B57,B6,B68,B76,B8,B80,B86,B88,B9,B96,C1,C12,C15,C22,C25,C33,C34,C37,C4,C40,C44,C46,C47,C49,C51,C54,C56,C57,C60,C63,C64,C7,C70,C72,C76,C79,C83,C86,D1
Chr8:33240306 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B121,B81,B83,C59
Chr8:33240306 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B81,B83,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779224.1
311 aa
N
1
156
311
PPR
PPR
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 130-156 aa PF01535 PPR 158-183 aa PF01535 PPR 191-218 aa PF01535 PPR 228-251 aa
XP_057779225.1
296 aa
N
1
148
296
PPR
PPR
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 115-141 aa PF01535 PPR 143-168 aa PF01535 PPR 176-203 aa PF01535 PPR 213-236 aa
XP_057779226.1
206 aa
N
1
103
206
PPR
PPR_2
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 115-141 aa PF13041 PPR_2 140-185 aa PF01535 PPR 143-168 aa PF01535 PPR 176-203 aa
XP_057779227.1
206 aa
N
1
103
206
PPR
PPR_2
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 115-141 aa PF13041 PPR_2 140-185 aa PF01535 PPR 143-168 aa PF01535 PPR 176-203 aa
XP_057779228.1
176 aa
N
1
88
176
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
C
PF01535 PPR 2-21 aa PF13041 PPR_2 20-65 aa PF01535 PPR 23-48 aa PF01535 PPR 56-83 aa PF01535 PPR 93-116 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779224.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 130 156 1.5e-24 85.2 PPR repeat
XP_057779224.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 158 183 1.5e-24 85.2 PPR repeat
XP_057779224.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 191 218 1.5e-24 85.2 PPR repeat
XP_057779224.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 228 251 1.5e-24 85.2 PPR repeat
XP_057779225.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 115 141 9.6e-25 85.8 PPR repeat
XP_057779225.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 143 168 9.6e-25 85.8 PPR repeat
XP_057779225.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 203 9.6e-25 85.8 PPR repeat
XP_057779225.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 213 236 9.6e-25 85.8 PPR repeat
XP_057779226.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 115 141 2.2e-19 69.0 PPR repeat
XP_057779226.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 140 185 1.1e-22 80.6 PPR repeat family
XP_057779226.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 143 168 2.2e-19 69.0 PPR repeat
XP_057779226.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 203 2.2e-19 69.0 PPR repeat
XP_057779227.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 115 141 2.2e-19 69.0 PPR repeat
XP_057779227.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 140 185 1.1e-22 80.6 PPR repeat family
XP_057779227.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 143 168 2.2e-19 69.0 PPR repeat
XP_057779227.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 203 2.2e-19 69.0 PPR repeat
XP_057779228.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 2 21 3.4e-22 77.8 PPR repeat
XP_057779228.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 20 65 1.8e-17 63.9 PPR repeat family
XP_057779228.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 23 48 3.4e-22 77.8 PPR repeat
XP_057779228.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 56 83 3.4e-22 77.8 PPR repeat
XP_057779228.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 93 116 3.4e-22 77.8 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

24 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093201.1
AACCGTTATGTATGAGCGCACTTTTGAATATACATAACGGTTTTATGGATCTCTGTTATGTATGTAGTGTTATCTAAATGTATTTATAACAGTATCAAATTAAGCGTTACATAATAACGTTATCTATTTATGATATATATAACAGTGCTATTGAACCGTTAACCCAATCGTTATGTATGAGCATGGATTCAACAACGATTGTTTCAGCGTTAAGAATACCGTTATGTATGAGCGTAATTTATAACGGTAGTTGTAACCGT...
XR_009093199.1
AACCGTTATGTATGAGCGCACTTTTGAATATACATAACGGTTTTATGGATCTCTGTTATGTATGTAGTGTTATCTAAATGTATTTATAACAGTATCAAATTAAGCGTTACATAATAACGTTATCTATTTATGATATATATAACAGTGCTATTGAACCGTTAACCCAATCGTTATGTATGAGCATGGATTCAACAACGATTGTTTCAGCGTTAAGAATACCGTTATGTATGAGCGTAATTTATAACGGTAGTTGTAACCGT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130997805
ATGGCTTTGAACTTGGATGTTGGGGTGGCGACCTCACTCATCAAATGCTATTCAACTCTTTCTGGAGATGTTGGTGCTTGTCGTAAGCTCTTCTTGGAGACGAGTGTTGTGGATCGCGACATTGTTATGTGGACTGGTGTTATGGCTGCATCTGTTGAAAGGGACCATGCTCAAGTTGTAGTCCTTTTCAACCAGATGCGTTGGGAGGATGATTTCTATCCGGATTGCTATGTATTCACCGTGTTGTTAAAAGCTTGTGC...
LOC130997805
ATGGCTTTGAACTTGGATGTTGGGGTGGCGACCTCACTCATCAAATGCTATTCAACTCTTTCTGGAGATGTTGGTGCTTGTCGTAAGCTCTTCTTGGAGACGAGTGTTGTGGATCGCGACATTGTTATGTGGACTGGTGTTATGGCTGCATCTGTTGAAAGGGACCATGCTCAAGTTGTAGTCCTTTTCAACCAGATGCGTTGGGAGGATGATTTCTATCCGGATTGCTATGTATTCACCGTGTTGTTAAAAGCTTGTGC...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057779224.1
MGLKCCLQLQSASIKMALNLDVGVATSLIKCYSTLSGDVGACRKLFLETSVVDRDIVMWTGVMAASVERDHAQVVVLFNQMRWEDDFYPDCYVFTVLLKACANLVTESAAAAVHGQVVRAGFLNGIELDNALIHAYSRCGSVDNAERVFHDMSSRDVVSWNSMLKAYVVHGKAETSSDLFAQMDVAPDEATFVALMTSCSHAGMVKEGIEMFDTMRERYGIAPQLDHYACMVDILGRSGRLSEAENIIRNMPMQPDCVIW...
XP_057779225.1
MALNLDVGVATSLIKCYSTLSGDVGACRKLFLETSVVDRDIVMWTGVMAASVERDHAQVVVLFNQMRWEDDFYPDCYVFTVLLKACANLVTESAAAAVHGQVVRAGFLNGIELDNALIHAYSRCGSVDNAERVFHDMSSRDVVSWNSMLKAYVVHGKAETSSDLFAQMDVAPDEATFVALMTSCSHAGMVKEGIEMFDTMRERYGIAPQLDHYACMVDILGRSGRLSEAENIIRNMPMQPDCVIWSAFLGGCRKHGEIEA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器