同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003242

染色体: Chr08 坐标: 33312925-33313871 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003242
名称SmilChr08G003242
描述uncharacterized SmilChr08G003242
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向33312925 - 33313871 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998355
GeneID130998355
locus_tag-
NCBI NameLOC130998355
原始查询SmilChr08G003242

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]; symbol=AT2G06105; hit=AT2G06105; species=arabidopsis; confidence=weak
产物aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]; symbol=AT2G06105; hit=AT2G06105; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=37.68; qcov=0.235; evalue=6.86e-07; confidence=weak
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998355

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五折投票;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,投票比例不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779763.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057779763.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:33312945 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 6 A18,B51,C1,C45,C72,C78
Chr8:33312965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B47,C24,C52
Chr8:33312970 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B134,B20
Chr8:33312973 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B26
Chr8:33312973 A AT 1bp_insertion CDS_variant 1 B26
Chr8:33312984 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 3 A3,C31,C74
Chr8:33312984 GA G 1bp_deletion CDS_variant 3 A3,C31,C74
Chr8:33312990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B135
Chr8:33313008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,B59,C55,D10
Chr8:33313035 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,C35,C4,D11
Chr8:33313055 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B76
Chr8:33313055 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923780.1
ATGCCCATAAAATGTGGAGATCCTGGCATGTTCTACATTCCATGTGTAATAGGAACCATGAAGGTGGAAAAGGCAATGCTCGACTTAGGGGCATCCATCAATGTTATGCCCTTATCCATGTACCAGGACCTGGAGATAGGACCGCTGAAGCCTACCCGAGTGGTGATCCAACTAGCAGATCGATCAAATGTCTACCCAGAGGGGATATTGGAAGACGTTTTGGTCAAAGTGGAGGAACTCATCTTTCCTGCGGATTTTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080394.1_cds_XP_057779763.1_44485
ATGCCCATAAAATGTGGAGATCCTGGCATGTTCTACATTCCATGTGTAATAGGAACCATGAAGGTGGAAAAGGCAATGCTCGACTTAGGGGCATCCATCAATGTTATGCCCTTATCCATGTACCAGGACCTGGAGATAGGACCGCTGAAGCCTACCCGAGTGGTGATCCAACTAGCAGATCGATCAAATGTCTACCCAGAGGGGATATTGGAAGACGTTTTGGTCAAAGTGGAGGAACTCATCTTTCCTGCGGATTTTTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779763.1
MPIKCGDPGMFYIPCVIGTMKVEKAMLDLGASINVMPLSMYQDLEIGPLKPTRVVIQLADRSNVYPEGILEDVLVKVEELIFPADFYILDMGKSKARDPVILLGRPFLKTARTRIDCDTGKLTCQFEGETVTFDIYNAMKHPADTEMVKSVDMIEKVVEEDLQEEHLQEAVKILNAWSEEVNHTEALKIPTPKEEDRLVPSIQKAPKLELKSLPKHLKYIFLGEDDTLPVIINLELTLEDENKVKMTLGKYKEAIGWTLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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