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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003243

染色体: Chr08 坐标: 33316961-33317434 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003243
名称SmilChr08G003243
描述lysine-rich arabinogalactan protein 17-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向33316961 - 33317434 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998356
GeneID130998356
locus_tag-
NCBI NameLOC130998356
原始查询SmilChr08G003243

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述lysine-rich arabinogalactan protein 17-like
产物lysine-rich arabinogalactan protein 17-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998356

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779764.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057779764.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057779764.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779764.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057779764.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:33316984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,D4
Chr8:33316991 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 15 A13,B105,B122,B36,B40,B55,B62,B67,B69,B94,B98,C1,C10,C2,C30
Chr8:33316992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr8:33317026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr8:33317043 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A13,B11,B121,C39,C85
Chr8:33317052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,D3
Chr8:33317061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B94,C34,C40,C55
Chr8:33317071 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B126,C33,C37
Chr8:33317075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B94
Chr8:33317076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C59
Chr8:33317077 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr8:33317085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B52,B94,C55

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923781.1
ATGGTCTCCACCAGACCCAAAAACAAACTCCGAGGCATACCCCAAGGAACCAAAATCGATCTCACCGGAGAAAGCCCCCCACCGTCAAAACCAAAAGCTTCGAAAAAGAACCCACGCCAAAAACCAATTCCGATGGACACTACACCTACCCCCTCATCCAGAACCCTACCGCAAATCGAGAGCCCCTCGCCGGTGGACGAACATGCCATTGAGCAATTCACAGCGGAGATAGACGTCCCTACTCTCGGCGCCAGAGACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998356
ATGGTCTCCACCAGACCCAAAAACAAACTCCGAGGCATACCCCAAGGAACCAAAATCGATCTCACCGGAGAAAGCCCCCCACCGTCAAAACCAAAAGCTTCGAAAAAGAACCCACGCCAAAAACCAATTCCGATGGACACTACACCTACCCCCTCATCCAGAACCCTACCGCAAATCGAGAGCCCCTCGCCGGTGGACGAACATGCCATTGAGCAATTCACAGCGGAGATAGACGTCCCTACTCTCGGCGCCAGAGACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779764.1
MVSTRPKNKLRGIPQGTKIDLTGESPPPSKPKASKKNPRQKPIPMDTTPTPSSRTLPQIESPSPVDEHAIEQFTAEIDVPTLGARDQHAAEGEGNATPKKAKEGEGEPSKKKRTPTAPKRKKPAAEKLATPAEESSNERNEPSGSVMQSEEGESGEE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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