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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003245`

染色体: Chr08 坐标: 33371114-33373225 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003245`
名称	SmilChr08G003245
描述	uncharacterized SmilChr08G003245
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	33371114 - 33373225 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998358`
GeneID	`130998358`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998358`
原始查询	`SmilChr08G003245`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`AT4G05360` (AT4G05360) Zinc knuckle (CCHC-type) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825884] identity=28.9; qcov=0.27; evalue=5.74e-11; confidence=weak
Rice	`Os08g0125300` - identity=24.2; qcov=0.3; evalue=6.83e-17; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF14223 (Retrotran_gag_2); PF22936 (Pol_BBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998358

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057779765.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057779765.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779765.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779765.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779765.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:33371123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B104,B13,C61
`Chr8:33371123`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B13,C61
`Chr8:33371135`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B44,B58
`Chr8:33371136`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr8:33371151`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B122
`Chr8:33371166`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr8:33371182`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B95
`Chr8:33371184`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B56,B77,B96,C38
`Chr8:33371184`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B56,B77,B96,C38
`Chr8:33371222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr8:33371305`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B120
`Chr8:33371311`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	A13,C24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779765.1

703 aa

352

703

Retrotran_gag_2

Pol_BBD

PF14223 Retrotran_gag_2 57-206 aa PF22936 Pol_BBD 624-667 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779765.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	57	206	1.8e-23	83.8	gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057779765.1`	Pfam	`PF22936`	Pol_BBD	Domain	624	667	1.9e-10	41.6	Pol polyprotein, beta-barrel domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923782.1
ATGGCCTCGCAGAAAGAAAGTGGGTCAATTGTCAGGCCACCATTACTGGATGGAACGAATTATGTGTACTGGAAGCATCGAATGGCCTCATTCATTCGAGCAGTGGATGAAAATTCATGGACTTCTGTTGAAGAGGGCTGGACTTCTCCTGTGGATGATGAAGGAAAAGAGAAACCTAGAACCAAGTGGACGACCAAAGAATTGGCTGCATCGAATGCAAATCAAAAGGCGCTAAATTCTATTCAGAATGCTGTTTCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998358
ATGGCCTCGCAGAAAGAAAGTGGGTCAATTGTCAGGCCACCATTACTGGATGGAACGAATTATGTGTACTGGAAGCATCGAATGGCCTCATTCATTCGAGCAGTGGATGAAAATTCATGGACTTCTGTTGAAGAGGGCTGGACTTCTCCTGTGGATGATGAAGGAAAAGAGAAACCTAGAACCAAGTGGACGACCAAAGAATTGGCTGCATCGAATGCAAATCAAAAGGCGCTAAATTCTATTCAGAATGCTGTTTCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779765.1
MASQKESGSIVRPPLLDGTNYVYWKHRMASFIRAVDENSWTSVEEGWTSPVDDEGKEKPRTKWTTKELAASNANQKALNSIQNAVSMEVFTLISMCATTKETWDVLQNTYEGNSKVKKQRLQQLTSRFEELKMDEHETITMFHSKILAIANESFSLGERIPEEKLVRKVMRSLPERFDYKVTTIDEAHDVTDIKLEELIGSLRTFEMNIRTGKNDKRKSIALAVESKSCKTEVTNFDTDDLVESFALFTKKFGKAFNRFK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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