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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003252

染色体: Chr08 坐标: 33488661-33491813 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003252
名称SmilChr08G003252
描述ACT domain-containing protein ACR10-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向33488661 - 33491813 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997823
GeneID130997823
locus_tag-
NCBI NameLOC130997823
原始查询SmilChr08G003252

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ACT domain-containing protein ACR10-like
产物ACT domain-containing protein ACR10-like
ArabidopsisAT2G36840 (ACR10)
ACT-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818257]
identity=62.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0570900 (B1331F11.3-1)
-
identity=59.3; qcov=1.02; evalue=2.88e-176; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF01842 (ACT); PF22754 (bHLH-TF_ACT-like_plant); PF24914 (ACR10_N); PF24926 (ACT_ACR9_C); PF24931 (ACT_ACR9_3rd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997823

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057779242.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057779242.1
3 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057779242.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057779242.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779242.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:33489578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,B64,B65,B88,C3
Chr8:33489631 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:33489641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B35,C22,C4,C73
Chr8:33489703 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 B36
Chr8:33489703 GCA G 2bp_deletion CDS_variant 1 B36
Chr8:33491142 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 91 A10,A11,A15,A16,A2,A20,A25,A3,A4,A6,A8,A9,B100,B101,B103,B105,B107,B109,B110,B117,B127,B132,B133,B134,B136,B15,B16,B18,B19,B21,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B30,B37,B38,B39,B41,B42,B43,B48,B5,B50,B51,B60,B64,B65,B7,B70,B71,B72,B74,B82,B84,B88,B89,B97,C11,C14,C17,C26,C33,C35,C37,C39,C48,C5,C51,C52,C55,C56,C57,C63,C64,C66,C67,C69,C70,C71,C74,C76,C77,C8,C83,C84,D2,D3,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779242.1
411 aa
N
1
206
411
ACR10_N
bHLH-TF_ACT-like_plant
ACT
ACT_ACR9_3rd
ACT_ACR9_C
C
PF24914 ACR10_N 11-86 aa PF22754 bHLH-TF_ACT-like_plant 109-158 aa PF01842 ACT 111-164 aa PF24931 ACT_ACR9_3rd 233-330 aa PF24926 ACT_ACR9_C 331-409 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779242.1 Pfam PF24914 ACR10_N Domain 11 86 4.4e-46 154.9 ACT domain-containing protein ACR10, N-terminal
XP_057779242.1 Pfam PF22754 bHLH-TF_ACT-like_plant Domain 109 158 3.2e-11 43.9 Plant bHLH transcription factor, ACT-like domain
XP_057779242.1 Pfam PF01842 ACT Domain 111 164 3.9e-12 46.4 ACT domain
XP_057779242.1 Pfam PF24931 ACT_ACR9_3rd Domain 233 330 2e-57 192.0 ACR9-like, ACT-like domain
XP_057779242.1 Pfam PF24926 ACT_ACR9_C Domain 331 409 1.3e-41 141.1 ACT domain-containing protein ACR9, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923259.1
TTAAACAAAAGCGGGCCAATATCTCGTGAGGGCGTCGCAATCACGATAAGAAGAGAGACAAAGGAAACGCCACCTCGCCAACTACACCTCCCCGCCTTCCACCAACCAAAATATTCAAGAAAAAGGCACCAGCGTTTGAATTAACAACCTAATTTTTTTACAATTTCACTATCAATACTCCTGCCCCCAAACCCTATAAGCAGAGATAAATGTAAAAGAGCACTATCGCGGAATCTTCCGCTTTTCCAAGGAAAGAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997823
ATGGGGATACTGTTTGATGATGCTGTGGTAATTCGGCAGTCCGAGAAAGAAGAAGAGCCCAGTGTTATTACCGTAAATTGTCCCGACAAGACCGGCCTGGGTTCTGATCTTTGCCGCATAATTCTCTTCTTTGGCCTCACTCTTGTCAGAACTGATGTATCTACGGATGGAAAATGGTGCTACATAGTGTTCTGGGTAGTGGGAAGAGAGAATACGCGGTGGGGTTTGCTGAAGAAGAGACTGATGGAGGCATGTCCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779242.1
MGILFDDAVVIRQSEKEEEPSVITVNCPDKTGLGSDLCRIILFFGLTLVRTDVSTDGKWCYIVFWVVGRENTRWGLLKKRLMEACPSSSLASGILFYTDSRPPKPPDVFLLKFCCHDRRGLLHDVTEVLCELELTIKRVKVSTTPDGKVMDLFFITDTRELLHTKKGKEDTCEHLKAVIGDTMISCEIEMVGPEITACSQGTSFLSDAVSEGMFNIEMLDKPQDDSTALKRPSVTMDNSLSPSHTLLQLVCQDHKGLLYD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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