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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003254

染色体: Chr08 坐标: 33496534-33497315 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003254
名称SmilChr08G003254
描述uncharacterized SmilChr08G003254
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向33496534 - 33497315 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997825
GeneID130997825
locus_tag-
NCBI NameLOC130997825
原始查询SmilChr08G003254

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818506]; symbol=AT2G39210; hit=AT2G39210; species=arabidopsis; confidence=low
产物Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818506]; symbol=AT2G39210; hit=AT2G39210; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G39210 (AT2G39210)
Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818506]
identity=51.5; qcov=0.44; evalue=4.58e-14; confidence=low
RiceOs07g0187900
-
identity=40.8; qcov=0.473; evalue=9.2e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF06813 (Nodulin-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997825

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057779244.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057779244.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779244.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779244.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779244.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:33496782 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B101,B26,C6
Chr8:33496899 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B101,B26,C6
Chr8:33497003 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C14
Chr8:33497003 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr8:33497028 T TCG 2bp_insertion frameshift_variant 19 A13,A22,B101,B108,B115,B122,B140,B56,B60,B61,B71,B74,B96,C3,C73,C78,C80,D10,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779244.1
150 aa
N
1
75
150
Nodulin-like
C
PF06813 Nodulin-like 63-133 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779244.1 Pfam PF06813 Nodulin-like Domain 63 133 1.1e-08 35.7 Nodulin-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923261.1
TAGTCTATTCTATGCTATACATGAATCCAAACCCAATTATTTAGCCACACAGTCAAATCAATAACTTTCTTGGGGGGCCAAGTCCGGTTGAACTCACCATCCAAACCAAACCAATTATACAAGTTGTACGGAGCAGATGGTTCACAATATTCGCATCGGAGCTGATAATGTCGGTGAACGGCGCGACCTACTTGTTCGGCGCCTACTCCGACACCATCAAGTCCTCACTAGGCTACGACCAAACAACTCTCAACCTCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997825
ATGGTTCACAATATTCGCATCGGAGCTGATAATGTCGGTGAACGGCGCGACCTACTTGTTCGGCGCCTACTCCGACACCATCAAGTCCTCACTAGGCTACGACCAAACAACTCTCAACCTCATCAGCTTCTCGGCGGCAACCTCGGCCTCATCAACGAGGTCACGCCGCCGTGGGTGGTCCTCGCCATCGGCGCCGATGCGGTCTCCTTCGTGTTTCTGCCCACGATTCGGATTCTTAAGGTTTCGAGGAGGGAGAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779244.1
MVHNIRIGADNVGERRDLLVRRLLRHHQVLTRLRPNNSQPHQLLGGNLGLINEVTPPWVVLAIGADAVSFVFLPTIRILKVSRRENDVDVFYGILYLSLALAVFLMVIIIVQNSVVFGRVEHVATASVVVISLSPSSSDDNSKSGTTQSS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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