Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003259`

染色体: Chr08 坐标: 33559098-33559739 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003259`
名称	SmilChr08G003259
描述	uncharacterized SmilChr08G003259
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	33559098 - 33559739 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998364`
GeneID	`130998364`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998364`
原始查询	`SmilChr08G003259`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0315200` - identity=34.9; qcov=0.39; evalue=2.68e-08; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998364

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057779769.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057779769.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057779769.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779769.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779769.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:33559119`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	35	A10,A20,A9,B10,B101,B104,B12,B129,B13,B139,B23,B33,B38,B39,B42,B44,B53,B75,B77,B78,B81,B82,B91,B92,B94,C1,C13,C14,C20,C27,C37,C42,C45,C65,C86
`Chr8:33559141`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,C83
`Chr8:33559219`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,C8
`Chr8:33559291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr8:33559389`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A4
`Chr8:33559390`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A18,B33,C32,C68
`Chr8:33559418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	C39,C4
`Chr8:33559418`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C39,C4
`Chr8:33559424`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B137,C19,C45,C49,D10
`Chr8:33559440`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	52	A18,A21,A23,A24,A6,A8,A9,B101,B102,B111,B113,B126,B127,B128,B129,B135,B136,B17,B19,B23,B26,B3,B35,B37,B4,B50,B57,B60,B69,B70,B75,B77,B86,B99,C10,C17,C20,C21,C26,C27,C28,C35,C36,C40,C5,C54,C55,C65,C72,C74,C75,C79
`Chr8:33559443`	`AAC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	39	A18,A21,A24,A9,B101,B102,B111,B126,B127,B129,B135,B136,B17,B23,B26,B35,B37,B4,B50,B57,B60,B70,B77,B9,C10,C17,C20,C21,C26,C27,C36,C40,C5,C54,C55,C65,C72,C74,C79
`Chr8:33559506`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B68,D10,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923786.1
ATGGATAAGTATTTCCCTATCTCCTACAGGGAAAAGAAAGAAACTGGGTTCTTTGAATTAAAACAAGAAAGAATGACCATTGAAGAATATGAGAGGAAATTTAACGAACTGGCTCGTTTTGCACCCCACTTGGTTGATACGGAAGAAATGATGATTGCCCAATTCAAAAGGGGGCTCGGAACTAACATCAAAGGAATCATGGCCGCACATGTGATTGTAGACTTCAGCGAGTTGGTCAAAAGAGCTGAAGAAGTTGAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998364
ATGGATAAGTATTTCCCTATCTCCTACAGGGAAAAGAAAGAAACTGGGTTCTTTGAATTAAAACAAGAAAGAATGACCATTGAAGAATATGAGAGGAAATTTAACGAACTGGCTCGTTTTGCACCCCACTTGGTTGATACGGAAGAAATGATGATTGCCCAATTCAAAAGGGGGCTCGGAACTAACATCAAAGGAATCATGGCCGCACATGTGATTGTAGACTTCAGCGAGTTGGTCAAAAGAGCTGAAGAAGTTGAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779769.1
MDKYFPISYREKKETGFFELKQERMTIEEYERKFNELARFAPHLVDTEEMMIAQFKRGLGTNIKGIMAAHVIVDFSELVKRAEEVEMALGVSNPTPKPANPIVKRRWENNNQSKENFRDKKQKFGVSTSNGPTGIKPQCQKCGKNHHGKCMLGKGICFYCREPGHTVNFCPKKKNKAPRGQKNLGEGKEPEKKRNARIFALAHQEPEQVTPIQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器