当前解析结果
SmilChr08G003271| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003271 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003271 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G003271 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 33750523 - 33751161 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130998366 |
|---|---|
| GeneID | 130998366 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998366 |
| 原始查询 | SmilChr08G003271 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03732 (PEG10_N-capsid) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998366 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057779771.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057779771.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057779771.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779771.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779771.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:33750578 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B115,B126,B14,C58 |
Chr8:33750632 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C49 |
Chr8:33750648 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B130 |
Chr8:33750662 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,B35,C22,C4,C73 |
Chr8:33750780 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | D5 |
Chr8:33750780 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D5 |
Chr8:33750853 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B100,C83 |
Chr8:33750862 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B130 |
Chr8:33750918 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 48 | A1,A10,A11,A14,A3,A4,A6,B10,B100,B108,B110,B112,B122,B125,B127,B13,B137,B14,B16,B21,B31,B34,B47,B5,B58,B59,B68,B83,B93,B97,C11,C12,C14,C17,C21,C30,C36,C38,C5,C55,C56,C65,C69,C72,C8,C83,C85,D7 |
Chr8:33750956 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,B35,C22,C4,C73 |
Chr8:33750970 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C11,C69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779771.1PF03732
PEG10_N-capsid 12-64 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779771.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 12 | 64 | 7e-09 | 36.6 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。