当前解析结果
SmilChr08G003278| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003278 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003278 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr08G003278 |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 33885234 - 33890341 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998369 |
|---|---|
| GeneID | 130998369 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998369 |
| 原始查询 | SmilChr08G003278 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT1G43760 (AT1G43760)DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=25.9; qcov=0.289; evalue=5.78e-35; confidence=weak |
| Rice | Os06g0484800- identity=28.5; qcov=0.581; evalue=3.85e-84; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF03372 (Exo_endo_phos); PF13456 (RVT_3); PF14529 (Exo_endo_phos_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998369 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057779773.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057779773.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057779773.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779773.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779773.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:33885250 |
A |
AGG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B109 |
Chr8:33885250 |
A |
AGG |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B109 |
Chr8:33885258 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C81 |
Chr8:33885268 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B30,B90,B92,C39 |
Chr8:33885271 |
A |
ATT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B109 |
Chr8:33885271 |
A |
ATT |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | B109 |
Chr8:33885288 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B109 |
Chr8:33885324 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A13,B115,B98,C3,C80 |
Chr8:33885495 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 18 | A18,B106,B108,B129,B56,B59,B75,B86,B9,B95,B96,C34,C41,C47,C72,C81,D4,D9 |
Chr8:33885723 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | A18,A21,B109,B37,C27,C55 |
Chr8:33885726 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 6 | A18,A21,B109,B37,C27,C55 |
Chr8:33885728 |
AGC |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 6 | A18,A21,B109,B37,C27,C55 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779773.1PF03372
Exo_endo_phos 290-397 aa
PF14529
Exo_endo_phos_2 295-401 aa
PF00078
RVT_1 677-935 aa
PF13456
RVT_3 1263-1381 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779773.1 |
Pfam | PF03372 |
Exo_endo_phos | Domain | 290 | 397 | 1.4e-05 | 25.7 | Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family |
XP_057779773.1 |
Pfam | PF14529 |
Exo_endo_phos_2 | Domain | 295 | 401 | 5.7e-07 | 30.1 | Endonuclease-reverse transcriptase |
XP_057779773.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 677 | 935 | 4e-26 | 92.8 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057779773.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 1263 | 1381 | 9.1e-14 | 52.2 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。