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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003291

染色体: Chr08 坐标: 34022166-34023383 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003291
名称SmilChr08G003291
描述thaumatin-like protein 1b
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向34022166 - 34023383 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997855
GeneID130997855
locus_tag-
NCBI NameLOC130997855
原始查询SmilChr08G003291

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述thaumatin-like protein 1b
产物thaumatin-like protein 1b
ArabidopsisAT1G75800 (AT1G75800)
Pathosis-related thaumatin superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843913]
identity=54.1; qcov=0.949; evalue=6.7e-86; confidence=high
RiceOs07g0417600
-
identity=56.2; qcov=0.886; evalue=2.29e-82; confidence=high
GOGO:0005576 (extracellular region); GO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00314 (Thaumatin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997855

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057779265.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057779265.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057779265.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779265.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779265.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779265.1
255 aa
N
1
128
255
Thaumatin
C
PF00314 Thaumatin 46-255 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779265.1 Pfam PF00314 Thaumatin Domain 46 255 5.7e-84 281.7 Thaumatin family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923282.1
CACACTATATATATGTCATATTACTTCATTCAAATTCAACAACAAATCAAGTTCAAGACATCTCCCATGGAAATTAAGATCTTGACTTCCCTTCTTCTAGCGATATGCTGTTTTTCATGGGCTGATGCAGCTGTATTCACTGTGAGAAACAACTGCAGATTTCCAATATGGCCAGCAGCTCTAACCGGAACCGGTTCGCCAGTCCTAACCGGGTTCGAGCTACAACCGCGGGCTTCAAGAGACCTCACCATCCCGGCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997855
ATGTCATATTACTTCATTCAAATTCAACAACAAATCAAGTTCAAGACATCTCCCATGGAAATTAAGATCTTGACTTCCCTTCTTCTAGCGATATGCTGTTTTTCATGGGCTGATGCAGCTGTATTCACTGTGAGAAACAACTGCAGATTTCCAATATGGCCAGCAGCTCTAACCGGAACCGGTTCGCCAGTCCTAACCGGGTTCGAGCTACAACCGCGGGCTTCAAGAGACCTCACCATCCCGGCTCCATGGTCGGGTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779265.1
MSYYFIQIQQQIKFKTSPMEIKILTSLLLAICCFSWADAAVFTVRNNCRFPIWPAALTGTGSPVLTGFELQPRASRDLTIPAPWSGRIWGRFQCSKSGRFTCASGDCNSGRVECNGAGGTPPVTLVEFTLAGDGGKDFYDVSLVDGFNLPVRVSPSGGNCPSTGCPADMNMSCPSELSVRGAGGAVVGCKSACLAFKQPQYCCTGAYSSPATCKPTSYSQIFKSRCPQAYSYAYDDRTSTFTCPTGNNYVVTFCP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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