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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003299

染色体: Chr08 坐标: 34098113-34100335 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003299
名称SmilChr08G003299
描述UDP-glycosyltransferase 73D1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向34098113 - 34100335 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997862
GeneID130997862
locus_tag-
NCBI NameLOC130997862
原始查询SmilChr08G003299

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 73D1-like
产物UDP-glycosyltransferase 73D1-like
ArabidopsisAT3G53150 (UGT73D1)
UDP-glucosyl transferase 73D1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824481]
identity=59.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0176200
-
identity=49.2; qcov=0.983; evalue=3.67e-159; confidence=high
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997862

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057779272.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057779272.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057779272.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779272.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779272.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:34098835 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr8:34098954 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C26
Chr8:34098954 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C26
Chr8:34099101 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B18
Chr8:34099101 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 B18
Chr8:34099258 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B41,B62,C31,C41,C75
Chr8:34099534 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr8:34099674 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B85
Chr8:34099674 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B85
Chr8:34099917 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D8
Chr8:34099917 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 D8
Chr8:34099947 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B121

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779272.1
484 aa
N
1
242
484
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 8-247 aa PF00201 UDPGT 274-430 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057779272.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 8 247 6.9e-08 33.4 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057779272.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 274 430 3.8e-19 69.6 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923289.1
CGTTGCAGATTCTAATTAAGCACATGACCCACACCCAACGAAAGCAATAATGTATGAATCCATGAGTCCGTCTCCGTTTGTTAATTTTTCTAGAATCATACGACTTGAAATTGCGTTCATAGCAGAAGGTGCATGTGAACTCCGGGGGAGGTGCTGGCAACTCGCCATTTCTCTTGAATTGACTCAATCAACTCCATTTTATGTAGACTGAGTCTGAGTCAAGCTCACTTTCAAAGACCCGGCCGCAACTTGTTTCATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130997862
ATGGCGCCCTCTCGCCTTCACTTCGTGCTCGTCCCGCTGCTAGCTCAAGGCCACATGATCCCCATGATCGACATGGCCAAGCTGCTGGCCGAGCACGGCGTCACCGCCAGCCTAGTCACCACGCCGCACAACACCCCGCGCTTCGCCAACACCATCCACCGCGCCCGCGCCGCAGGCCTCCACATCAACCTCATCGAAATCCCCTTCCCCTCCGAGGAGGTCGGCCTGCCCCCGGGCTGCGAGAACCTCGACACTGTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779272.1
MAPSRLHFVLVPLLAQGHMIPMIDMAKLLAEHGVTASLVTTPHNTPRFANTIHRARAAGLHINLIEIPFPSEEVGLPPGCENLDTVPSRHLIRQFYTALDKLQPALEHHLADLDPPPSCIISDKCLSWTSATAEKFHVPRVVFHGMCCFSLLTSHNVKLHRPHLAVQSDWEPFLIPGLPVRVEITRAQLPGSFVALPDLDDIREQMQQAESSAYGVVVNSFPELEAGCAEVYEKAMKKKVWCIGPVSQCNREATDKFERG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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