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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003316

染色体: Chr08 坐标: 34391154-34397421 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003316
名称SmilChr08G003316
描述uncharacterized SmilChr08G003316
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向34391154 - 34397421 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130997877
GeneID130997877
locus_tag-
NCBI NameLOC130997877
原始查询SmilChr08G003316

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130997877

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057779289.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057779289.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057779289.1
4 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057779289.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779289.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:34391639 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 10 A22,B1,B16,B28,B4,B96,C31,C46,C50,C61
Chr8:34391646 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr8:34391661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr8:34391671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B62,C31,C41,C75
Chr8:34391675 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B67,C16,C62,D3
Chr8:34391676 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 21 A18,B106,B107,B13,B140,B17,B2,B33,B44,B46,B7,C13,C23,C24,C32,C33,C68,C78,C82,D11,D6
Chr8:34391684 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B58
Chr8:34391684 T TTC 2bp_insertion CDS_variant 1 B58
Chr8:34391685 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D6
Chr8:34391685 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr8:34391686 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A11,A9,B135,B38,B39,C34,D6
Chr8:34391696 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009093238.1
TAATAATAATAATAATAATAAAGAGAAATATTTCAACCCTGTTAAGCACATCGTTGGTGCGTATTTTACTCCTCATCAGCTACTTCTCCCCCAGTTTGGTTGAACTGTGTCTCCTTCGTGTTCAACCAGTGAAGTTATTGCTAGAGCCAATGTTGTGCTGCTCTCCCAAGTCTACCTAACAACCATGATATTTTAGCTCCGCCACTCACTTAAGACGAGATGTTTTCACTTTGCACAGTAGCAAAGTCAAAATACTTCGG...
XM_057923306.1
GGTGGTTGCTAAAGAAGAAAAGGCGGTGGTTGGTAAAGAGGAAGAGGCAAAAATTGCGGGGAAACTCGTGTATGGATTCTAGAGGGTGCTAGATCTAATGTTGGGAATCTATTTTCCCTTCTACAAACGGGATGGCTCGTACCCTACGTACCGCAAGGAAGAGGGTTAGTACTAGAGCGACACGGGATGAGATTCGTTGGGAGTACCTCCACTATGGCATGTGCTGGAGAGACACATTGGGGGAATTTCTTGCCCACTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130997877
ATGGCTCGTACCCTACGTACCGCAAGGAAGAGGGTTAGTACTAGAGCGACACGGGATGAGATTCGTTGGGAGTACCTCCACTATGGCATGTGCTGGAGAGACACATTGGGGGAATTTCTTGCCCACTTCCACGAGCACTGGTTGGCAGCTAGCATGTATGGGATCTCCTCGTATGATGGCATTATTCGACTGACTCTACTTCCATCCGACTGGAAGGGTTGGGCGACCTCCATTGCCACAGACTACTTATACTATTATGG...
LOC130997877
ATGGCTCGTACCCTACGTACCGCAAGGAAGAGGGTTAGTACTAGAGCGACACGGGATGAGATTCGTTGGGAGTACCTCCACTATGGCATGTGCTGGAGAGACACATTGGGGGAATTTCTTGCCCACTTCCACGAGCACTGGTTGGCAGCTAGCATGTATGGGATCTCCTCGTATGATGGCATTATTCGACTGACTCTACTTCCATCCGACTGGAAGGGTTGGGCGACCTCCATTGCCACAGACTACTTATACTATTATGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057779289.1
MARTLRTARKRVSTRATRDEIRWEYLHYGMCWRDTLGEFLAHFHEHWLAASMYGISSYDGIIRLTLLPSDWKGWATSIATDYLYYYGEEYDLYVDFPGFVAAVSYQYFCYGAAPYGPYTLPGDYIQAGGGIADFLPRDDPAPYVPSEPVQVAPLLESDTDDEIAALLRSPTPIYIVVSSDSETTPQQTLPTVPSSKPAPATSLKLDLPDCLVYLETIWILPGCSRLLELYVESR
XP_057779290.1
MARTLRTARKRVSTRATRDEIRWEYLHYGMCWRDTLGEFLAHFHEHWLAASMYGISSYDGIIRLTLLPSDWKGWATSIATDYLYYYGEEYDLYVDFPGFVAAVSYQYFCYGAAPYGPYTLPGDYIQAGGGIADFLPRDDPAPYVPSEPVQVAPLLESDTDDEIAALLRSPTPIYIVVSSDSETTPQQTLPTVPSSKPAPATSLKLDLPDCLVYLETIWILPGCSRLLELYVESR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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