当前解析结果
SmilChr08G003322| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003322 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003322 |
| 描述 | calmodulin-binding protein 60 D-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 34474841 - 34476110 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130998381 |
|---|---|
| GeneID | 130998381 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130998381 |
| 原始查询 | SmilChr08G003322 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | calmodulin-binding protein 60 D-like |
| 产物 | calmodulin-binding protein 60 D-like |
| Arabidopsis | AT2G18750 (AT2G18750)Calmodulin-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816390] identity=70.8; qcov=0.945; evalue=2.15e-86; confidence=high |
| Rice | Os02g0177800- identity=77.8; qcov=0.895; evalue=2.38e-93; confidence=high |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005516 (calmodulin binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding); GO:0080142 (regulation of salicylic acid biosynthetic process) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF20451 (Calmod_bind_M); PF20452 (Calmod_bind_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130998381 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057779783.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779783.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779783.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779783.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057779783.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:34475241 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A15,C42 |
Chr8:34475425 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B135 |
Chr8:34475530 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B4,B54,C9 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779783.1PF20451
Calmod_bind_M 37-103 aa
PF20452
Calmod_bind_C 108-170 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779783.1 |
Pfam | PF20451 |
Calmod_bind_M | Domain | 37 | 103 | 3e-32 | 111.7 | Calmodulin binding protein central domain |
XP_057779783.1 |
Pfam | PF20452 |
Calmod_bind_C | Domain | 108 | 170 | 2.5e-25 | 89.1 | Calmodulin binding protein C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。