Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003327`

染色体: Chr08 坐标: 34558008-34561847 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003327`
名称	SmilChr08G003327
描述	uncharacterized SmilChr08G003327
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	34558008 - 34561847 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997886`
GeneID	`130997886`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997886`
原始查询	`SmilChr08G003327`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]; symbol=AT5G18510; hit=AT5G18510; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969]; symbol=AT5G18510; hit=AT5G18510; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT5G18510` (AT5G18510) Aminotransferase-like, plant mobile domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831969] identity=21.5; qcov=0.498; evalue=6.54e-10; confidence=weak
Rice	`Os03g0565300` - identity=23.9; qcov=0.295; evalue=4.05e-06; confidence=weak
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF10536 (PMD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997886

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779302.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779302.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779302.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779302.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779302.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:34559058`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,B24,B90,B92,C39
`Chr8:34559077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B117,B133,C38,C65,C87
`Chr8:34559103`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A14
`Chr8:34559109`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr8:34559158`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,C54
`Chr8:34559179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr8:34559400`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr8:34559436`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B110
`Chr8:34559458`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr8:34559471`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr8:34559546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr8:34559547`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,B99

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779302.1

877 aa

438

877

PMD

PF10536 PMD 307-552 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779302.1`	Pfam	`PF10536`	PMD	Domain	307	552	2.3e-27	96.8	Plant mobile domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923319.1
TCGAAGGTTTCAGCGGAGTGTGAAGTCATAGCGGCGTAAACTCAAGATCAAACGCCGACAGCGAACGGCGTGCGTGGAGCCTGGAGTGTCACGATGGTGGTCTTCAAAGATATTGTGGTCAAGGGTCAAGACTATTTGCTGATTTTGAGTGATGATGAGCAAGAGACGGAAATGGGCATGCATCTAAGAGTATTTCCGGCATTGATAGGCCACTATGTGAAACCTTGGCCCAAACTTTTGAATTCTCTATATCAGTCGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997886
ATGGTGGTCTTCAAAGATATTGTGGTCAAGGGTCAAGACTATTTGCTGATTTTGAGTGATGATGAGCAAGAGACGGAAATGGGCATGCATCTAAGAGTATTTCCGGCATTGATAGGCCACTATGTGAAACCTTGGCCCAAACTTTTGAATTCTCTATATCAGTCGGAATGGACCAGCGAGATCAGTTTGAACAAAGCGTCGAAGGCTCATACATTGCATCCGGCCCGTCCTTGGCAAAGCAAGGAATCCAATTTTCTATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779302.1
MVVFKDIVVKGQDYLLILSDDEQETEMGMHLRVFPALIGHYVKPWPKLLNSLYQSEWTSEISLNKASKAHTLHPARPWQSKESNFLLTLRRRIIDKDAKWGRVTSFRGEFHFFEGYWEWTEDILSRCGNELRVVGIYDAVYASLFTYDCQSEMVKAFCEAWCPATNTILTSSGEMSISLWDLQYLSGLPCTGTLYDEVVPCAKEILGKDQFGNPFIPLSCRYLLFAYYSLKHRDGKDPKSSVSIDEWIKFWSKKASKYSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器