当前解析结果
SmilChr08G003336| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003336 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003336 |
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g03820-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 34660170 - 34661741 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130997894 |
|---|---|
| GeneID | 130997894 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130997894 |
| 原始查询 | SmilChr08G003336 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | GDSL esterase/lipase At5g03820-like |
| 产物 | GDSL esterase/lipase At5g03820-like |
| Arabidopsis | AT5G03820 (AT5G03820)GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831713] identity=66; qcov=0.994; evalue=3.93e-170; confidence=high |
| Rice | Os06g0148200 (OsGELP74)- identity=59.6; qcov=0.943; evalue=3.99e-148; confidence=high |
| GO | GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00657 (Lipase_GDSL) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130997894 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057779307.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057779307.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057779307.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057779307.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057779307.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:34660219 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,B75 |
Chr8:34660244 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr8:34660258 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A13,B97,C3 |
Chr8:34660332 |
CAA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 7 | A20,A24,B118,B38,B66,C23,C53 |
Chr8:34660337 |
TGC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 42 | A21,A22,B105,B108,B110,B134,B140,B20,B21,B22,B33,B37,B46,B49,B56,B57,B58,B59,B6,B61,B68,B7,B75,B86,B87,B9,B95,C11,C12,C22,C26,C32,C4,C41,C5,C52,C69,C72,C75,C82,D11,D9 |
Chr8:34660341 |
G |
GAT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 50 | A18,A20,A21,A22,A24,B105,B108,B110,B118,B134,B140,B20,B21,B22,B33,B37,B38,B46,B49,B56,B57,B58,B59,B6,B61,B64,B66,B68,B7,B75,B86,B87,B9,B95,C11,C12,C22,C23,C26,C32,C4,C41,C5,C52,C53,C69,C72,C75,D11,D9 |
Chr8:34660555 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr8:34660605 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A13,B122,B69,B97,C3 |
Chr8:34660850 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B38,B39 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057779307.1PF00657
Lipase_GDSL 32-343 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057779307.1 |
Pfam | PF00657 |
Lipase_GDSL | Family | 32 | 343 | 2.8e-31 | 110.0 | GDSL-like Lipase/Acylhydrolase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。