Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003341`

染色体: Chr08 坐标: 34713848-34715716 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003341`
名称	SmilChr08G003341
描述	probable glycosyltransferase At5g03795
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	34713848 - 34715716 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997899`
GeneID	`130997899`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997899`
原始查询	`SmilChr08G003341`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable glycosyltransferase At5g03795
产物	probable glycosyltransferase At5g03795
Arabidopsis	`AT5G03795` (AT5G03795) Exostosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3770626] identity=54.1; qcov=0.815; evalue=1.15e-149; confidence=high
Rice	`Os07g0188700` - identity=54; qcov=0.832; evalue=1.84e-148; confidence=high
GO	GO:0006486 (GO:0006486); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF03016 (Exostosin_GT47)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997899

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057779312.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057779312.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057779312.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779312.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779312.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:34714120`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B1,B16
`Chr8:34714167`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B122
`Chr8:34714167`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B122
`Chr8:34714186`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr8:34714222`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A19,B137,B87
`Chr8:34714321`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr8:34714461`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B94
`Chr8:34714461`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B94
`Chr8:34714533`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr8:34714540`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr8:34714864`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr8:34715081`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779312.1

465 aa

232

465

Exostosin_GT47

PF03016 Exostosin_GT47 134-414 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779312.1`	Pfam	`PF03016`	Exostosin_GT47	Domain	134	414	3.4e-54	184.9	Exostosin GT47 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923329.1
TCGTCCCTTGTTAAACAAAAAAAATATACTCCACTAAATTAATGACCACGTCACTCGCCTCCATTTAGTTTAATATTAAGGTAACCGCGACACGCGAAAGAGGAAGACGACGACAATTCAAGATGGCGGATCCCTCCTCCTTTTCTTCTTCACCGAAGCTCGTCTATTTTGTACTCATTCCGTTGCTCATGCTGTCTGCCCTTGTGATTTTACTCAACCAGAAGCCTTCTGCCTCCTTTTCATGGCCGCCTCAACCACTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997899
ATGGCGGATCCCTCCTCCTTTTCTTCTTCACCGAAGCTCGTCTATTTTGTACTCATTCCGTTGCTCATGCTGTCTGCCCTTGTGATTTTACTCAACCAGAAGCCTTCTGCCTCCTTTTCATGGCCGCCTCAACCACTAAGCTACACGCCTGCTTCTGCCACCACTATTGTGGAGGATCAGCCGCCGCCGCCGCCGCCACCTCCGCCGCCGGTTGTGGAGAGCATGAGAAAACACATGGATTCAGACAAACTAGACATGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779312.1
MADPSSFSSSPKLVYFVLIPLLMLSALVILLNQKPSASFSWPPQPLSYTPASATTIVEDQPPPPPPPPPPVVESMRKHMDSDKLDMVEASLAKARANIHEAQRSNESSDDADYVPQGPFYRNPNAFHRSYLEMENTLRFYIYEEGEPPLFHYSKSLGILGIEGIIIHQMEISKFRTRDPQKAHLFLVPLSVQSIVAYAYVIHNRAWDPLRNIAIDYINLISTNHPYWNRTLGHDHFIIGCHDWTPKVSRGVAHLYKNSIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器