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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003344

染色体: Chr08 坐标: 34788368-34789201 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003344
名称SmilChr08G003344
描述uncharacterized SmilChr08G003344
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向34788368 - 34789201 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130998386
GeneID130998386
locus_tag-
NCBI NameLOC130998386
原始查询SmilChr08G003344

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0439900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs03g0439900
-
identity=31; qcov=0.827; evalue=3.07e-24; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130998386

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057779788.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057779788.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057779788.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057779788.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057779788.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:34788396 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B76,B99
Chr8:34788430 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr8:34788439 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 9 B4,B41,B53,B66,B71,B8,B89,C16,C70
Chr8:34788446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,D11
Chr8:34788501 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 6 A24,B75,B78,B92,C55,C56
Chr8:34788502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr8:34788524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B75,C55,C56
Chr8:34788534 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B78,C40
Chr8:34788534 AC A 1bp_deletion CDS_variant 2 B78,C40
Chr8:34788600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B55,C73
Chr8:34788628 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B16
Chr8:34788631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057923805.1
ATGAGGGCCCCAGCCGACCAGAGGGACAGGTCCAAGTGGTGCGAATTCCATGCAGACCATGGGCATCGGACAGAGGATTGCATCGCCCTCAGATTGGAAGTGGCCCACCTACTAAATCAAGGCCACCTCACCGATTACCTAACCGAAAAGGGCAAGCTTACCCTACAACAAGGAAGGGATAGACAAGAGAAACACAGAGACGACAGCCCGCCAGACCCGCCACACCATGAGAGAACGGTGAACGTGATATCCGGAGGCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130998386
ATGAGGGCCCCAGCCGACCAGAGGGACAGGTCCAAGTGGTGCGAATTCCATGCAGACCATGGGCATCGGACAGAGGATTGCATCGCCCTCAGATTGGAAGTGGCCCACCTACTAAATCAAGGCCACCTCACCGATTACCTAACCGAAAAGGGCAAGCTTACCCTACAACAAGGAAGGGATAGACAAGAGAAACACAGAGACGACAGCCCGCCAGACCCGCCACACCATGAGAGAACGGTGAACGTGATATCCGGAGGCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057779788.1
MRAPADQRDRSKWCEFHADHGHRTEDCIALRLEVAHLLNQGHLTDYLTEKGKLTLQQGRDRQEKHRDDSPPDPPHHERTVNVISGGSEVSRITHSAAKRHARQARSSKSGVPPSGKAGPTDPTLTISFATSELDKLLHPHHDALVISIYIANCLTKRVLIDNGSSANILFCSVYRKMGLDESKLIKKAAVLVGFSGESTTTVGEIDLPVYAEGVNLSTRFLVVDAPSAYNVILAVHGSTEWKQYHPPIIKSYDSQPSGEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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