Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003351`

染色体: Chr08 坐标: 34929090-34931039 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003351`
名称	SmilChr08G003351
描述	trihelix transcription factor ENAP1
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	34929090 - 34931039 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997908`
GeneID	`130997908`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997908`
原始查询	`SmilChr08G003351`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	trihelix transcription factor ENAP1
产物	trihelix transcription factor ENAP1
Arabidopsis	`AT3G10040` (AT3G10040) sequence-specific DNA binding transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820165] identity=51.4; qcov=0.946; evalue=4.57e-97; confidence=high
Rice	`Os12g0163500` - identity=44; qcov=0.921; evalue=1.13e-74; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13837 (Myb_DNA-bind_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997908

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779314.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779314.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779314.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779314.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779314.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:34929931`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B16,D10
`Chr8:34930092`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr8:34930113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B4,B54,C9
`Chr8:34930227`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A19,B137,B87,C1,C50
`Chr8:34930521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr8:34930590`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B55
`Chr8:34930645`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr8:34930664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C44
`Chr8:34930664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr8:34930741`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779314.1

368 aa

184

368

Myb_DNA-bind_4

PF13837 Myb_DNA-bind_4 67-157 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779314.1`	Pfam	`PF13837`	Myb_DNA-bind_4	Domain	67	157	1.4e-15	58.2	Myb/SANT-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923331.1
AAAAAAAAATGGTTTCAAAGTAAATAAAATGAGAAATGCATATAGAGGCATTACACAAAATAGAGGTGGAATAGTTTTGAGAGTGTTGATAAATGCAAAAGGCCATCTAAGTTACATTTGTCGAGATTATACACATTATAATGAGTATTATATTCCTTTCAAATTAGGATTAAAAATTCCAGCTATAGTCTTTCCATGGGCTTCGGTAGCATTGAAATGACTATATTACCCTCTGGCTTCATCTGATTCTCACGGAATCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997908
ATGGAATCGAGTGGAATGTCCGGTGGTATTTACTCAAACTTGCAACCTAGTATGCTAGGACTAGAAATGTCACTCCACCACAAATTGCCACCTCAGCACCCAATGCCGGCATTCCCCAAATCCAAGAACCAGAGCCTGACGCTGAGCGACGACGACACCAGCGCCGACGACGGCAAGAGGAAAATGTCGCCGTGGCAGAGGATGAAGTGGACCGACAACATGGTGAGGCTGCTCATCATGGTGGTCTTCTACATCGGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779314.1
MESSGMSGGIYSNLQPSMLGLEMSLHHKLPPQHPMPAFPKSKNQSLTLSDDDTSADDGKRKMSPWQRMKWTDNMVRLLIMVVFYIGDEVGASEAAEKKKGAGLLQKKGKWKSVSRAMMERGFYVSPQQCEDKFNDLNKRYKRVNDILGKGTSCRVVENQALLDSMDLPPKVKDEVKKLLNSKHLFFREMCAYHNSCAAAQPEGACLHKAPVTPNLNKGGDEGATKLADDDEGDVDEEDEEEEEEEEEDEEEEEYTDDQRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器