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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003394`

染色体: Chr08 坐标: 35761496-35771745 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003394`
名称	SmilChr08G003394
描述	DNA glycosylase/AP lyase ROS1-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	35761496 - 35771745 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130997941`
GeneID	`130997941`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130997941`
原始查询	`SmilChr08G003394`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA glycosylase/AP lyase ROS1-like
产物	DNA glycosylase/AP lyase ROS1-like
Arabidopsis	`AT5G04560` (DME) HhH-GPD base excision DNA repair family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830335] identity=67; qcov=0.295; evalue=0; confidence=weak
Rice	`Os01g0218032` (ROS1A) - identity=48.1; qcov=0.612; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006284 (base-excision repair); GO:0019104 (DNA N-glycosylase activity); GO:0035514 (DNA demethylase activity); GO:0051539 (4 iron, 4 sulfur cluster binding); GO:0080111 (GO:0080111)
KEGG	-
Pfam	PF15628 (RRM_DME); PF15629 (Perm-CXXC)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130997941

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779360.1`
2	Nucleoplasm	核质	0.80000	`XP_057779360.1`
3	Nuclear body	核内小体	0.60000	`XP_057779360.1`
4	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057779360.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779360.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:35762363`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	20	B109,B132,B28,B3,B39,B58,B61,B63,B68,B7,B70,B76,B8,B80,B82,B90,C18,C39,C82,C9
`Chr8:35762541`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,B21,B43,C10
`Chr8:35762542`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B2,B23
`Chr8:35762542`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B2,B23
`Chr8:35762550`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	A3,C56,D9
`Chr8:35762550`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	3	A3,C56,D9
`Chr8:35762562`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	85	A11,A15,A25,A3,A6,B102,B103,B108,B113,B114,B117,B119,B120,B126,B131,B134,B138,B15,B18,B2,B21,B22,B23,B26,B29,B3,B34,B35,B41,B43,B44,B46,B48,B5,B63,B72,B73,B74,B75,B78,B79,B81,B83,B87,B9,B91,B94,B95,C1,C10,C17,C19,C20,C25,C26,C29,C31,C32,C35,C36,C4,C42,C44,C47,C51,C52,C55,C56,C6,C60,C62,C64,C67,C68,C7,C71,C74,C77,C79,C85,D4,D5,D7,D8,D9
`Chr8:35762578`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	83	A11,A15,A25,A3,A6,B102,B103,B108,B113,B114,B117,B119,B120,B126,B131,B134,B138,B15,B18,B2,B21,B22,B23,B26,B29,B3,B34,B35,B41,B43,B44,B46,B48,B5,B63,B72,B73,B74,B78,B79,B81,B83,B87,B9,B91,B94,B95,C1,C10,C17,C19,C20,C25,C29,C31,C32,C35,C36,C4,C42,C44,C47,C51,C52,C55,C56,C6,C60,C62,C64,C67,C68,C7,C71,C74,C77,C79,C85,D4,D5,D7,D8,D9
`Chr8:35762657`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B3,B63,B81,C15
`Chr8:35762665`	`GGA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	29	A15,B114,B119,B120,B138,B18,B2,B23,B3,B41,B43,B5,B63,B79,C10,C15,C19,C32,C35,C6,C64,C68,C7,C71,C77,C85,D5,D8,D9
`Chr8:35762670`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	B18,B2,B23,B63,B79,C64,C85
`Chr8:35762676`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	5	B18,B2,B79,C64,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057779360.1

1954 aa

977

1954

Perm-CXXC

RRM_DME

PF15629 Perm-CXXC 1805-1836 aa PF15628 RRM_DME 1839-1939 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057779360.1`	Pfam	`PF15629`	Perm-CXXC	Family	1805	1836	7.8e-11	42.8	Permuted single zf-CXXC unit
`XP_057779360.1`	Pfam	`PF15628`	RRM_DME	Family	1839	1939	2.1e-52	176.2	RRM in Demeter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923377.1
CACTTGTGCATGATTTGACATGGAGAAAGCGGAACCGATATCACAATGAATCATCTAAGTGGTTAGCGAGAAAAAAGAAAAGAAAAAAAGATTTATCAGTTTCAGAGGTTCTCTCTCTATACTTGAATAAGAAGCCCTGGTCTTTCTGCTTGTCTGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTACCCACCTACGAATTTGCTGTGCTCTCGATTTCTCTTTCGCCGTTCGGCAGCTCGACAATCGGTTCACGAGATCTTTCACCAGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130997941
ATGTCAGTTAGAAGAGAAGATACAGCTTCAAAACCGGATGAGCTCCAGATCGGTTCTTCATGGATTCCAGCAACCCCAGCTAAAGCCACTTCGACAAGCTGGCCACCGATCTGCACGAATTGGGGAGAAAATCAGACGGTGCAGGCAAATTGTCTAGAAAAGGAAAGATTAGCTACCACTAACCAGGTGGCTCAAGCAAGTCTATCTGGGTCGGAAGAATTTGTGCAGCAGAGAGAGTCTGCATGCCATGCTTCAATTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779360.1
MSVRREDTASKPDELQIGSSWIPATPAKATSTSWPPICTNWGENQTVQANCLEKERLATTNQVAQASLSGSEEFVQQRESACHASINVNNASRVANNWHAGMTTHSHVYEENLIHFESWVAGEAANSHMFGKGLSTYDKFSINNEWSNVTFGSLLEAAMGKKAETENALTQNSFATSSSASSSCFHPQVDHGFLEDPLDRSRVSTPYFHPRVEGRQFTMSSGNASLQDQHAMLGANFDAEGRISNTVIDRSSIPSRHLLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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