Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003407`

染色体: Chr08 坐标: 35990870-35992982 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003407`
名称	SmilChr08G003407
描述	uncharacterized SmilChr08G003407
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	35990870 - 35992982 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998403`
GeneID	`130998403`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998403`
原始查询	`SmilChr08G003407`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	C-type mannose receptor (DUF620) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844280]; symbol=AT1G79420; hit=AT1G79420; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	C-type mannose receptor (DUF620) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844280]; symbol=AT1G79420; hit=AT1G79420; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT1G79420` (AT1G79420) C-type mannose receptor (DUF620) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844280] identity=55; qcov=0.526; evalue=7.17e-29; confidence=medium
Rice	`Os07g0591100` (OJ1174_G05.24) - identity=45.8; qcov=0.437; evalue=4.29e-18; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998403

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057779804.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057779804.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779804.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779804.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779804.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:35990905`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,C20
`Chr8:35990920`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr8:35990984`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C14,C23,C33
`Chr8:35991045`	`GAT`	`*`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B124,B135,B39,B66,C55
`Chr8:35991048`	`GGA`	`*`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B124,B135,B39,B66,C55
`Chr8:35992429`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C70,C81
`Chr8:35992430`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,C55,C6
`Chr8:35992431`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C53,C9
`Chr8:35992493`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr8:35992525`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B69,B73
`Chr8:35992541`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B2,B7,C14,C16,C23,C78
`Chr8:35992564`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B27,B69,B73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923821.1
TGTCCTCAACCGTTGATGCCTCTAATGGAAGGCCCCGATTTGGGAATGGAAGATGACGAATGAAGCTAAGGAGTGCTACTGGGAAATCATTTGAGAGTGGTTCAGACTGCAGAGAAATGTGGAGTCATCAATGTCGTTGTACATTCCGCCAGCGCAGCGCCAGAATTTGTGCCTTCTCCTCGGGGTTTTGGGGTGCCCGCTCGTCCCCATTCCCATCTGCAACAACCCCCTTTCCACCCTCCACATTAAAAACATCCCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998403
ATGTCGTTGTACATTCCGCCAGCGCAGCGCCAGAATTTGTGCCTTCTCCTCGGGGTTTTGGGGTGCCCGCTCGTCCCCATTCCCATCTGCAACAACCCCCTTTCCACCCTCCACATTAAAAACATCCCCCTCGAGACCTCCACGGCCTACTACATAATTCAGCAGTACCTGGCCGCTGCCAGTTGCCTCAAGCAGCGCCGCTGCGCCAAGAACATGTACGCCTCAGGGATGGTCAAGCTCATACGCTGCGAGATGGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779804.1
MSLYIPPAQRQNLCLLLGVLGCPLVPIPICNNPLSTLHIKNIPLETSTAYYIIQQYLAAASCLKQRRCAKNMYASGMVKLIRCEMEISTRKNVRTMGSRTGKNGPRCDRSSWPSPETSVTILNGLILNQGHPSSSSFVHENCCEKINFWIEKYFKISDSNVVFLKHNHELRVQLAILEAAKKGNERQIVV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器