Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003417`

染色体: Chr08 坐标: 36351883-36353345 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003417`
名称	SmilChr08G003417
描述	growth-regulating factor 3-like
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	36351883 - 36353345 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996553`
GeneID	`130996553`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996553`
原始查询	`SmilChr08G003417`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	growth-regulating factor 3-like
产物	growth-regulating factor 3-like
Arabidopsis	`AT3G52910` (GRF4) growth-regulating factor 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824457] identity=38.3; qcov=1.23; evalue=3.88e-58; confidence=medium
Rice	`Os02g0701300` (GS2) - identity=53.9; qcov=0.338; evalue=4.09e-34; confidence=low
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0032502 (developmental process)
KEGG	-
Pfam	PF08879 (WRC); PF08880 (QLQ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996553

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057777813.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057777813.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057777813.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057777813.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057777813.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777813.1

308 aa

154

308

QLQ

WRC

PF08880 QLQ 55-87 aa PF08879 WRC 114-156 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057777813.1`	Pfam	`PF08880`	QLQ	Domain	55	87	4.1e-11	43.1	QLQ
`XP_057777813.1`	Pfam	`PF08879`	WRC	Domain	114	156	7.5e-21	74.3	WRC

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921830.1
TAAACATGGTACACATCTTTTCAAGAAATGTGTAGAGATATCTATATTTTCATAACAACCACCAATATATAAATAGATAGTCAGTTTATGTCGACTGCGAAGTTGCTGTAAAAAAGCGGTTTTAACTTTCTCTGAACACCAAACTCAGTTTTACTACAAAGTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTGAAACAAACTGACTGACTTCCATGGATTTCAATCTGAAGCAATGGAGAGATGAGTCAGAACATGAAACATCAGCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130996553
ATGGATTTCAATCTGAAGCAATGGAGAGATGAGTCAGAACATGAAACATCAGCAAAGCTACCAAAACTGAACTCATCATCATCTCCACTCCCCTTGTTTGTTCCTCTCTCCTCAACCGCCACCAAACTCCCCACTCCCGCAGGAATGGGGGGTGGGACCTACTTCAGCTCCGCCCAGTGGCAGGAGCTTGAGCTTCAAGCTCTCATATTCAGACACATCATGGGTGGCGCCGCCGTTCCGCCGGAGCTCCTCCATCTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777813.1
MDFNLKQWRDESEHETSAKLPKLNSSSSPLPLFVPLSSTATKLPTPAGMGGGTYFSSAQWQELELQALIFRHIMGGAAVPPELLHLVKKSLVGSPAYYLCNPLHYYHPSSSMDPEPGRCRRTDGKKWRCSRDVVAAQKYCERHMHRGKNRSRKPVEIPTATAPRFSLSGPLTYVDLHHHNHNPRPMESIPETKCPSQPQNDAGDPTLRHFFHDWPRSLDQAADDAATNLSISTSDFSLKLGSGSGDGGEGSRSQMNWGMA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器