Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003425`

染色体: Chr08 坐标: 36516378-36518784 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003425`
名称	SmilChr08G003425
描述	uncharacterized SmilChr08G003425
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	36516378 - 36518784 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130996560`
GeneID	`130996560`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130996560`
原始查询	`SmilChr08G003425`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os01g0595300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os01g0595300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G06740` (MUG3) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669] identity=26.61; qcov=0.599; evalue=4.68e-11; confidence=low
Rice	`Os01g0595300` - identity=32.08; qcov=0.734; evalue=3.87e-20; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130996560

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

Rank	定位位置	中文	五折投票比例	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057777828.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:36516523`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr8:36516533`	`TGC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C81
`Chr8:36516533`	`TGC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C81
`Chr8:36516577`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,D5
`Chr8:36516594`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,D5
`Chr8:36516621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B53,D5
`Chr8:36516621`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,D5
`Chr8:36516669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C76
`Chr8:36516690`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B110,C1,C3
`Chr8:36516722`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B99,C11,C69
`Chr8:36516762`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B1,B121,B133
`Chr8:36516762`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B121,B133

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057921845.1
GATGCTGCAAAATTGTTAATTGGTTATTGATATTGGTCATTTGAACAGTTTATATTTTATTGTGAGTGGTAGAGTTGATTGGTTTGCGGAGTCAACTCCTAATTCGACCACGAATTATCACACTCCAGCATCGATTGGTGACGATGAAATTAATGATGAGGAGTACATTCCATCAACAGAGTCTGATGAGGATGGGGAGGAGGAAGAAGAAGCTGATGAGCGGGAGTCAGTTCGAGTGGATTATGGGACATTTGCAGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

lcl|NC_080394.1_cds_XP_057777828.1_44669
ATGGTTGAGGCAATCCGTCACATCATAGAGAAATGGTTTGATGAAAGACATGAAGCTGCAAAGTCATTTTCTGCTTATGTTACACCGGAGGCGCTACGCAAGCTCACTGTTGAATTGGAGAGATCACGGAGATATGAGGTCGTTGCCATGTCCCCATCTATTTTCAAGGTTAAGAGTTCCAACAAAACATTCAAAGTGAATCTAGAAACGCAATCGTGCACTTATGTGAAGTGGGATATGAACATGGTACCATGTTCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057777828.1
MVEAIRHIIEKWFDERHEAAKSFSAYVTPEALRKLTVELERSRRYEVVAMSPSIFKVKSSNKTFKVNLETQSCTYVKWDMNMVPCSHAVAAIRHIGDDISKHVGDYYQAAKLREAYSYRVNSVPPLASWMIPANIQGLVIDLPKIGRQSGRPKTTRHRGPTERTTQRQRAGSENAPSSSTNRAPRTCSLCGFESHTRDICPYLVSID

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器