Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr08G003430`

染色体: Chr08 坐标: 36588704-36589399 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr08G003430`
名称	SmilChr08G003430
描述	uncharacterized SmilChr08G003430
染色体 / SeqID	Chr08 / NC_080394.1
坐标与链方向	36588704 - 36589399 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130998410`
GeneID	`130998410`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130998410`
原始查询	`SmilChr08G003430`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G41220` (GSTT3) glutathione S-transferase THETA 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834124] identity=29.5; qcov=0.823; evalue=8.74e-13; confidence=low
Rice	`Os08g0225900` - identity=31.9; qcov=0.909; evalue=6.74e-22; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130998410

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057779809.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057779809.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057779809.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057779809.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057779809.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr8:36588819`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B132,B26,D8
`Chr8:36588830`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	13	A15,B133,B37,C28,C29,C49,C5,C64,C70,C75,D2,D7,D9
`Chr8:36588835`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B140
`Chr8:36588857`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B120,B42,C4
`Chr8:36588870`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B42
`Chr8:36588884`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,B51
`Chr8:36588907`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B6,B72,D1
`Chr8:36588915`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr8:36588926`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B140
`Chr8:36588933`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B42
`Chr8:36588958`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B132,B26
`Chr8:36588960`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A22,B67,B70,B75,B83,C34,C5,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057923826.1
ATGTTTGCAGACTCATCTAGGAGGAGCAACATAGATGGGAGTGGTACTGACGGTGGGACACCATCATCAGGAAAGGCAGTTCAAGGTTTGGAGAATATAAATCTCTCTGTTGAGCCACAATCTGACGACGACGAACAGAATATGAACAAGACACGGGCATTTTATTCGGATGCGGAAAGTGAGGTTCTTGCACAATGTTGGATCGATATTAGCATCGATTCGGTGGTTGGAAACGACCAAAAGATGGAGCAAATGTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130998410
ATGTTTGCAGACTCATCTAGGAGGAGCAACATAGATGGGAGTGGTACTGACGGTGGGACACCATCATCAGGAAAGGCAGTTCAAGGTTTGGAGAATATAAATCTCTCTGTTGAGCCACAATCTGACGACGACGAACAGAATATGAACAAGACACGGGCATTTTATTCGGATGCGGAAAGTGAGGTTCTTGCACAATGTTGGATCGATATTAGCATCGATTCGGTGGTTGGAAACGACCAAAAGATGGAGCAAATGTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057779809.1
MFADSSRRSNIDGSGTDGGTPSSGKAVQGLENINLSVEPQSDDDEQNMNKTRAFYSDAESEVLAQCWIDISIDSVVGNDQKMEQMWKRIKEAYNANRPAETPSRKPNQLKSHFYKMQKQVKLFSECYNRIADIWKSGANDADIMEMAQTEYRQHHGTQGFKYIGVWRILSIVPKFAEVQGNVQATKRTKNTEREAYTSSSTAEDTLTSRPMGQKAAKRKAKGKEKKEDSVH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器