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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003434

染色体: Chr08 坐标: 36652753-36657834 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003434
名称SmilChr08G003434
描述IQ domain-containing protein IQM3-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向36652753 - 36657834 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996568
GeneID130996568
locus_tag-
NCBI NameLOC130996568
原始查询SmilChr08G003434

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述IQ domain-containing protein IQM3-like
产物IQ domain-containing protein IQM3-like
ArabidopsisAT3G52870 (AT3G52870)
IQ calmodulin-binding motif family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824453]
identity=65.2; qcov=0.817; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0149900
-
identity=60.1; qcov=0.879; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF30383 (IQM_M)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996568

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057777835.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057777835.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057777835.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777835.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777835.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:36654461 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:36654494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr8:36654888 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C4
Chr8:36654888 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C4
Chr8:36655125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr8:36657204 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B27,B69,B73
Chr8:36657266 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B121,B133

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777835.1
496 aa
N
1
248
496
IQM_M
C
PF30383 IQM_M 218-310 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777835.1 Pfam PF30383 IQM_M Domain 218 310 4.7e-40 136.3 IQ motif-containing protein middle domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921852.1
TACGTACAAAAACCCTCACCCTTCTTCTCCTACTGCTCTGCCCCAACTCAACTCAACTCAACTCATCAACACTCTCTCTCACTTTCTCTCTCTAAAATCCATCGTCTCTTCCCTCGTCTTCCCGTTCGAAATGGAGGTCGAAGCGCACGCGGTTTCCGCGTTCGATCTTAACCACGGCGGCAACTTTCCTGCTTATTCGTTTTCTGCCATGTCCGCATCCTCAGATGAGGCTCTTCCCCACGTGGCCGATCAAATGTCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996568
ATGGAGGTCGAAGCGCACGCGGTTTCCGCGTTCGATCTTAACCACGGCGGCAACTTTCCTGCTTATTCGTTTTCTGCCATGTCCGCATCCTCAGATGAGGCTCTTCCCCACGTGGCCGATCAAATGTCCGTGAACGGTGGCCAACGTGAGGATTCCGCTGCGCCGCCTAGTTCCGCCGCTGTTCCCTCTAGATGTCCGATGAATGCAGCTAAGAGAGTTCAGAAGGTTTATCGGAGCTATCGTACTCGGCGCATGTTAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777835.1
MEVEAHAVSAFDLNHGGNFPAYSFSAMSASSDEALPHVADQMSVNGGQREDSAAPPSSAAVPSRCPMNAAKRVQKVYRSYRTRRMLADSAVVVEELWWQALDFARLNHSTISFFDFLKPETATSRWNRARWNASKVGKGLSRDAKAQKLAFQHWIEAIDPRHRYGHSLHLYYEEWCKTNTGQPFFYWLDLGDGRDFELKECPRSKLRQQCIKYLGPIEREHYEYEVVDGKFLHKLTGKPLDTSQGSGGSKWIFVMSTFKR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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