当前解析结果
SmilChr08G003434| 统一新 Gene ID | SmilChr08G003434 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr08G003434 |
| 描述 | IQ domain-containing protein IQM3-like |
| 染色体 / SeqID | Chr08 / NC_080394.1 |
| 坐标与链方向 | 36652753 - 36657834 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130996568 |
|---|---|
| GeneID | 130996568 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130996568 |
| 原始查询 | SmilChr08G003434 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | IQ domain-containing protein IQM3-like |
| 产物 | IQ domain-containing protein IQM3-like |
| Arabidopsis | AT3G52870 (AT3G52870)IQ calmodulin-binding motif family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824453] identity=65.2; qcov=0.817; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0149900- identity=60.1; qcov=0.879; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF30383 (IQM_M) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130996568 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057777835.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057777835.1 |
| 3 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057777835.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057777835.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057777835.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr8:36654461 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr8:36654494 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr8:36654888 |
TTG |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C4 |
Chr8:36654888 |
TTG |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C4 |
Chr8:36655125 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B12 |
Chr8:36657204 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B27,B69,B73 |
Chr8:36657266 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B121,B133 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057777835.1PF30383
IQM_M 218-310 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057777835.1 |
Pfam | PF30383 |
IQM_M | Domain | 218 | 310 | 4.7e-40 | 136.3 | IQ motif-containing protein middle domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。