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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr08G003442

染色体: Chr08 坐标: 36793675-36795588 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr08G003442
名称SmilChr08G003442
描述cytochrome P450 94C1-like
染色体 / SeqIDChr08 / NC_080394.1
坐标与链方向36793675 - 36795588 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130996575
GeneID130996575
locus_tag-
NCBI NameLOC130996575
原始查询SmilChr08G003442

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 94C1-like
产物cytochrome P450 94C1-like
ArabidopsisAT2G27690 (CYP94C1)
cytochrome P450, family 94, subfamily C, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817315]
identity=54.6; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0858350
-
identity=56.3; qcov=0.932; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130996575

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057777855.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057777855.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057777855.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057777855.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057777855.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr8:36793958 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr8:36794370 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B100,B8
Chr8:36794373 C CGA 2bp_insertion frameshift_variant 5 A23,B100,B136,B8,C48
Chr8:36794373 C CGA 2bp_insertion CDS_variant 5 A23,B100,B136,B8,C48
Chr8:36794395 CCT C 2bp_deletion frameshift_variant 20 A21,A4,B100,B103,B117,B136,B14,B37,B40,B44,B47,B55,B84,C15,C40,C45,C48,C54,C58,C63
Chr8:36794399 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 19 A21,A4,B100,B103,B117,B136,B14,B37,B40,B44,B47,B55,B84,C15,C40,C45,C48,C54,C58
Chr8:36794428 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B14,B55
Chr8:36794428 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B14,B55
Chr8:36794431 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 18 A21,A4,A7,B103,B117,B136,B37,B40,B44,B47,B55,B84,C15,C40,C45,C48,C54,C58
Chr8:36794434 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 18 A21,A4,A7,B103,B117,B136,B37,B40,B44,B47,B55,B84,C15,C40,C45,C48,C54,C58
Chr8:36794435 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 18 A21,A4,A7,B103,B117,B136,B37,B40,B44,B47,B55,B84,C15,C40,C45,C48,C54,C58
Chr8:36794506 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 13 A21,B103,B117,B136,B14,B37,B44,B47,B55,B84,C15,C40,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057777855.1
488 aa
N
1
244
488
p450
C
PF00067 p450 82-466 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057777855.1 Pfam PF00067 p450 Domain 82 466 5.7e-50 171.1 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057921872.1
ATATTGATCGAGCCTAGGCGAGTCATAAATTTTATAGACTCAATTATTGCATGTAAATGGACCTCATCTCATTCCGTCAAAACGTTTATTTCATTTATGTATTTGTTATATCTTGGGTGAGTGCGTGTCATGTGAAGTATATATTGAAGAAGCCTACATAAAGATTACATCTCCCCTCCCATTGGCCTTAATTCTCCACTACTCTTTATCCATCAATGGAGCTCCTCCAATATTGTAACGCCTCGTGCTTGCTATTTATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130996575
ATGGAGCTCCTCCAATATTGTAACGCCTCGTGCTTGCTATTTATCTCATCCCTCACTTCTTTTTTGCTCATCTTTTTCACACTAGCTATAGTGATGAGAAAGAGGGTTTGGTGCAGCTGCGAAATCTGCGAAACATACAGTGAATCGCGGTGGAGGATCCAGTTCCAGAATCTGTGCGATTGGTACACGCATCTCCTCAAGAACTCCCCTAATCGGACGGTCCACATCCACGTTCTCAACAACACCATCACCGCTAATCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057777855.1
MELLQYCNASCLLFISSLTSFLLIFFTLAIVMRKRVWCSCEICETYSESRWRIQFQNLCDWYTHLLKNSPNRTVHIHVLNNTITANPDNVEYMLKTRFDNFPKGKPFSAILGDFLGRGIFNVDGTFWTFQRKMATLELARVSTRAYSFHVVNLEIQQRLMPLMASTQILDLQDLFRKFSFDCISRFCFGLDPTRLELSLPLSDFVASFDLASKLSAERALATSPVVWKVKRFLNIGSERRLRRAIGTIHVIARDFIRERR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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